0. はじめに
   1. 表記規則
1. 概要
   1. 動作環境
   2. 起動
2. 画面紹介
   1. シーンウィンドウ
   2. サムネイルビュー
   3. シークエンスビュー
   4. ツリービュー
   5. プロパティビュー
   6. 分子リストビュー
3. ワークスペース
   1. ワークスペースの新規作成
   2. ワークスペースの保存と読み込み
      1. 保存
      2. 読み込み
   3. シーンの追加と削除
      1. シーンについて
      2. シーンの追加
      3. シーンの削除
      4. シーンの複製
   4. シーンウィンドウ上でのマウス操作
   5. クリップボードを使ったコピー＆ペースト
      1. シーンのコピー＆ペースト
      2. 原子のコピー＆ペースト
4. ファイルの読み込みと書き出し
   1. 対応ファイルフォーマット
   2. ファイルの読み込み
   3. ファイルの書き出し
   4. シーンウィンドウに表示中の画像のファイルの書き出し
5. 分子の編集
   1. 表現の追加と編集
      1. 追加
      2. 編集
      3. 原子選択式
   2. 分子表面の表示と編集
      1. 分子表面の追加
      2. 分子表面の編集
   3. 分子を中心に表示
      1. 指定した部分を中心に表示
      2. 指定した分子表現を中心に表示
   4. 原子の選択
      1. 選択状態の表示
      2. シークエンスビューでの選択
      3. シーンウィンドウ上でのマウスクリックによる選択
      4. 指定した領域内原子の選択
   5. 分子の回転・並進
   6. 分子データのマージ
      1. シーン間での分子データのマージ
      2. シーン中の分子データのマージ
   7. 分子データの分離
   8. 分子データの情報確認
      1. 分子情報ウィンドウ
      2. ラマチャンドランプロット
      3. 分子リストビュー
   9. クリッピング
      1. クリッピング面の追加
      2. クリッピングの有効・無効
      3. クリッピング面の表示・非表示
      4. クリッピング面の削除
      5. クリッピング面の移動と回転
6. タンパク質の編集
   1. 対称分子の計算
      1. 単位胞内で生成
      2. 範囲を指定して生成
      3. PDB の REMARK 290 を使って生成
      4. PDB の REMARK 350 を使って生成
   2. 分子鎖の削除選択
   3. 残基の編集
      1. Alternate location indicatorの検出と選択
      2. 主鎖原子欠損の検出と削除
      3. 末端残基の検出と加工
      4. SSBONDの追加
      5. 金属配位CYSの検出と加工
      6. 近接原子の検出と補正
      7. 直行する二面角の検出と補正
   4. 分子の重ね合わせ配置
      1. 各部の名称
      2. 操作の手順
7. 化合物の作成・編集
   1. 原子の生成
   2. 原子の付加
   3. 原子の結合
   4. 結合次数の変更
   5. テンプレートからの分子の追加
   6. 原子の削除
   7. 結合の削除
   8. フラグメントのコピー
   9. 結合角の回転
   10. 構造最適化
       1. Hを生やす
       2. 構造最適化
       3. 電荷計算
       4. 停止
   11. 合成容易性予測
8. トポロジーデータ作成
   1. 初期構造の読み込み
      1. 初期構造として利用するPDBファイルについて
      2. 初期構造として利用するMOL2ファイルについて
   2. Hを生やす
      1. 力場パラメータの選択
   3. 軸の整列
   4. 水付加
      1. setwaterの設定
   5. イオン付加
      1. add_ionの設定
   6. tplgeneXの実行
      1. 実行
      2. 完了
   7. トポロジーデータの書き出しと読み込み
      1. 書き出し
      2. 読み込み
9. Cosgene MD 計算
   1. cosgeneについて
      1. 扱えるデータの制限について
      2. cosgeneバイナリの設定
   2. トポロジーデータの作成
   3. MDインターフェースの表示
   4. ［設定］タブ
   5. ［プロセス］タブ
      1. プロセスの種類
      2. 共通設定
      3. Cosgene ローカルPC の設定
      4. Cosgene SSH クライアントの設定
   6. ［ログ］タブ
   7. エネルギー極小化計算
      1. 簡略設定
      2. 基本設定
      3. 拘束設定
      4. 境界設定
      5. コマンドライン
   8. MD計算
      1. 簡略設定
      2. 基本設定（1）
      3. 基本設定（2）
      4. 出力設定
      5. 拘束条件
      6. 境界条件
      7. コマンドライン
   9. 位置拘束設定
      1. 設定例
      2. マウス操作での拘束設定
   10. 原子間距離拘束設定
       1. マウス操作での拘束設定
   11. 計算の実行
       1. 実行
       2. 実行状態の確認
       3. 結果の取得
       4. 再開(リスタート)
10. Sievgene ドッキング計算
    1. sievgeneについて
       1. 扱えるデータの制限について
       2. sievgeneバイナリの設定
    2. トポロジーデータの作成
    3. 分子表面の生成
    4. 受容体ポケットの生成
    5. プローブ点の削除
    6. グリッドポテンシャルの生成
       1. 設定
       2. 情報
    7. ドッキング計算
       1. ドッキング対象分子の選択
       2. 設定
       3. 実行と結果の確認
       4. グリッドポテンシャルの確認
    8. ポケット予測
11. トラジェクトリツール
    1. トラジェクトリーツールの表示
       1. 対象分子データの選択
    2. 座標解析
       1. 出力結果
    3. 距離解析
       1. 出力結果
    4. 角度解析
       1. 出力結果
    5. 2面角解析
       1. 出力結果
    6. RMSD／RMSF解析
       1. 出力結果
    7. フレームの削除
       1. 編集対象
       2. 削除範囲の指定
    8. トラジェクトリープレーヤー
    9. 水素結合
    10. グラフ表示
12. スクリーニング
    1. スクリーニングを行う前に
    2. 3DdataConstruction
    3. 計算サーバーへの接続
    4. ジョブスケジューラーの選択
    5. タンパク質リストの準備
       1. ターゲットタンパク質の追加
       2. ターゲットタンパク質の削除
       3. ターゲットタンパク質のプレビュー
    6. 低分子リストの準備
       1. 既知活性化合物の追加
       2. 検索対象化合物の追加
       3. 低分子化合物の削除
       4. 低分子リストの取得
    7. 相互作用行列の準備
       1. 新規スコアの計算
       2. 相互作用行列データの確認
    8. スクリーニングの実行
       1. 実行
       2. 結果の取得