１．リボンの［タンパク質編集］/［リガンド編集］/［MD］/［ドッキング］/［表示］タブにある［分子表現設定］ボタンをクリックします。
➜ ［分子表現設定］ダイアログが表示されます。
２．［分子］コンボボックスから対象の分子データを選択します。
３．リストから［タイプ］コンボボックスがSurfaceになっている行の左端の数字をクリックして編集を行う分子表面を選択します。
➜ ［分子表面の編集］ボタンが有効になります。
４．［分子表面の編集］ボタンをクリックします。
➜ ［分子表面の編集］ダイアログが表示されます。
ツリービューで［Surface］を右クリックし、［分子表面の編集］からダイアログを表示することもできます。
設定可能な項目は以下のとおりです。設定後は[更新]ボタンをクリックすると設定を更新します。
タイプ
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タイプ |
説明 |
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Contact |
分子内の原子に接触する溶媒の、接触点によってトレースされる分子表面形状を表示します。溶媒の半径は、「プローブ半径」によって与えます。
(Solventの半径は1.4Å) |
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Solvent |
分子内の原子に接触する溶媒の、中心位置によってトレースされる分子表面形状を表示します。溶媒の半径は、「プローブ半径」によって与えます。
(Solventの半径は1.4Å) |
プローブ半径
プローブの半径をオングストローム単位で設定します。
品質
分子表面の品質を1から10の範囲で設定します。
1が最も低品質で10が最も高品質です。
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all |
resname:ALA | resname:ILE |
分子界面のみ表示
指定した原子選択を分子界面と見なしその部分にだけ分子表面を生成します。この設定がオフのときは、原子がたとえ内部のものであってもその部分に分子表面形状が生成されます。初期状態では分子界面は、タンパク質分子または核酸分子に属する原子です。
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オン |
オフ |
Wireframe
設定をオンにすると分子表面をWireframeで表示します。
