①

重ね合わせの対象となる分子です。重ね合わせができる分子は、タンパク質分子または核酸分子です。分子Aと分子Bは同一の分子データは指定できません。

②

重ね合わせ処理を開始する、分子Aの残基を選択します。分子A選択時は、シークエンス内の最初の残基が設定されています。

③

重ね合わせ処理を終了する、分子Aの残基を選択します。分子A選択時は、シークエンス内の最後の残基が設定されています。

④

重ね合わせの対象となる分子です。

⑤

重ね合わせ処理を開始する、分子Bの残基を選択します。分子B選択時は、シークエンス内の最初の残基が設定されています。

⑥

重ね合わせ処理を終了する、分子Bの残基を選択します。分子B選択時は、シークエンス内の最後の残基が設定されています。

⑦

下記RMSD計算実行時に使用する原子を選択します。［Cα原子またはP原子で計算］は、タンパク質分子の場合Cα原子、核酸分子の場合はリン原子のみを使用します。［主鎖原子で計算］は、タンパク質分子、核酸分子の主鎖原子を使用します。［重原子で計算］は、重原子のみを使用します。［重原子で計算］は、分子のシークエンスが異なると計算できません。

⑧

分子Aと分子Bの開始残基から終了残基までのシークエンスを用い、配置の結果、最小となるRMSD値を計算し、［RMSD値］リストに結果を表示します。分子Aと分子Bとで残基の数が異なる場合は、残基の数が少ない方を、多い方に対してシークエンスをシフトしながら順番にRMSD値を計算します。

⑨

RMSD値の計算結果が表示されます。結果は、RMSD値が小さい順にソートして表示されます。［RMSD値］リスト中のカラム［分子A］および［分子B］は、RMSD計算をおこなった対の各先頭残基名です。計算直後はRMSD値が最小の対が選択されています。

⑩

分子Aを分子Bに対し配置します。配置は、［RMSD値］リストの選択されている結果をもとに行われます。

⑪

分子Bを分子Aに対し配置します。

⑫

分子Aと分子Bの配置の結果、RMSD値が最小となるときの対応する各原子間の距離を表示します。

⑬

ダイアログを閉じます。