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アンサンブルの発生方法を以下から選択します。
Micro-canonical（NVE） MICR
マイクロカノニカル計算を実行します。
この設定を選択した場合は、以下の追加設定をおこないます。
Canonical（NVT） CANO
カノニカル計算を実行します。
この設定を選択した場合は、以下の追加設定をおこないます。
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温度制御方法
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THERMO
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温度制御方法を以下から選択します。
Hoover-Evans
Gaussian constraint法 CONS
以下の設定が必要です。
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昇温のためのMDループ回数
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HEATLO
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昇温のためのMDループ回数を設定します。
この設定は、平衡化計算でのみ使用します。
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Nose-Hoover法 NOSE
以下の設定が必要です。
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カップリング時間
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COUPLI
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カップリング時間をフェムト秒単位で設定します。
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初期速度の設定の仕方
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INITIA
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 後述の「初期速度の設定の仕方」を参照してください。
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分子ごとに温度をコントロールする
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TEMPCO
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分子ごとに温度をコントロールするかどうかを設定します。
この設定が無効のときは、水中のタンパク質分子ではタンパクと水の温度が異なる場合があります。逆に有効なときは、タンパク質分子と水、リガンド分子などそれぞれの分子の温度が同じになりやすくなります。ただし、単原子イオンの温度も一定に保たれるなど不自然な場合も発生します。
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目標温度
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SETTEM
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目標温度を設定します。
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NPT NPT
NPT計算を実行します。
この設定を選択した場合は、以下の追加設定をおこないます。
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圧力制御方法
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BAROST
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圧力制御方法を以下から選択します。
Andersen法 ANDE
Parrinello Rahmann法 PARA
以下の追加設定が必要です。
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セル形状
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MODIFI
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セル形状を以下から選択します。
三射晶 FLEX
単射晶 MONO
斜方晶 ORTH
立方晶 ISOT
正方晶 SING
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Berendsen法 BERE
以下の追加設定が必要です。
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セル形状
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MODIFI
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セル形状を以下から選択します。
斜方晶 ORTH
立方晶 ISOT
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初期速度の設定の仕方
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INITIA
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後述の「初期速度の設定の仕方」を参照してください。
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分子ごとに温度をコントロールする
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TEMPCO
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分子ごとに温度をコントロールするかどうかを設定します。
この設定が無効のときは、水中のたんぱく質分子ではタンパクと水の温度が異なる場合があります。逆に有効なときは、タンパク質分子と水、リガンド分子などそれぞれの分子の温度が同じになりやすくなります。ただし、単原子イオンの温度も一定に保たれるなど不自然な場合も発生します。
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目標温度
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SETTEM
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目標温度をK単位で設定します。
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目標圧力
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SETPRE
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目標圧力をatm単位で設定します。
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温度制御のカップリング時間
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COUPHB
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温度制御のカップリング時間をフェムト秒単位で設定します。
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圧力制御のカップリング時間
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COUPPI
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圧力制御のカップリング時間をフェムト秒単位で設定します。
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