分子データの座標と、トラジェクトリーデータの座標との構造の差をRMSD（Root mean square deviation）として計算します。また、トラジェクトリーデータの構造の揺らぎをRMSF（Root mean square fluctuation）として計算します。手順は以下のとおりです。
１．構造の重ね合わせに使う原子を指定します。
RMSD・RMSFの計算に先立ってトラジェクトリーの各構造を参照構造へ重ね合わせを行いフィットさせます。重ね合わせに使う原子は［すべての原子］、［Cα原子またはP原子］、［主鎖原子］または［選択式で指定］から選択します。［選択式で指定］を選んで［複製］ボタンをクリックするとシーンの選択状態から選択式を作成します。参照構造は［（分子データ）の構造］または［トラジェクトリーの先頭の構造］から選択します。
２．RMSD・RMSFの計算に使う原子を指定します。
RMSD・RMSFの計算の対象とする原子を［すべての原子］、［Cα原子またはP原子］、 ［主鎖原子］または［選択式で指定］から選択します。［選択式で指定］を選んで［複製］ ボタンをクリックするとシーンの選択状態から選択式を作成します。
［原子選択式］ボタンをクリックすると選択式の一覧表が表示されます。
選択式については、「原子選択式」を参照してください。
３．［RMSDの計算］ボタンまたは［RMSFの計算］をクリックします。
➜ 計算結果を示すグラフが表示されます。
出力結果
以下の内容で結果が表示されます。左上のフロッピーディスクのアイコンのボタンをクリックするとグラフのデータをCSV形式またはグラフの画像をPNG形式でファイルに保存することができます。
