リボンの［タンパク質編集］タブの［Hを生やす］ボタンをクリックすると、サムネイルビューで現在選択されているシーンに含まれているタンパク質・核酸分子に対して、欠損している水素原子を補います。
リボンの［リガンド質編集］タブの［Hを生やす］ボタンをクリックすると、“非解離型”か“解離型”かを選択するプルダウンメニューが現れます。どちらかをクリックすると現在アクティブな低分子化合物分子に対して、Hgeneを用いて欠損している水素原子を補います。
力場パラメータの選択
リボンの［タンパク質編集］タブの［Hを生やす］ボタンの右下にある［オプション］ボタン
をクリックすると、［tplgeneXの設定］ダイアログが開きます。
ここでトポロジーデータの生成に利用する力場ファイルを選択します。
選択可能な力場は以下のとおりです。
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タンパク質分子 |
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C96_aa.tpl |
AMBER96力場に対する全アミノ酸モノマーのトポロジー情報 |
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C99_aa.tpl |
AMBER99力場に対する全アミノ酸モノマーのトポロジー情報 |
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charmm19_aa_all.tpl |
CHARMm19力場に対する全アミノ酸モノマーのトポロジー情報 |
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charmm22_aa_all.tpl |
CHARMm22力場に対する全アミノ酸モノマーのトポロジー情報 |
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核酸分子 |
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C96_na.tpl |
AMBER96力場に対する全ヌクレオチドのトポロジー情報 |
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C99_na.tpl |
AMBER99力場に対する全ヌクレオチドのトポロジー情報 |
この一覧以外の力場パラメータを使用したい場合は、［tplgeneX DB directory］コンボボックスに使用したい力場パラメータの含まれているフォルダーのパスを入力します。フォルダーに含まれる拡張子が.tplのファイルがアミノ酸分子コンボボックスと核酸分子コンボボックスに列挙されますので、使用したいファイルを選択してください。
力場パラメータファイルは、myPrestoのパラメータファイルの書式に従う必要があります。
