リボンの［MD］タブの［イオン付加］ボタンをクリックすると、サムネイルビューで現在選択されているシーンに対して、カウンターイオンが付加されます。
デフォルトの場合、イオンの濃度は生理食塩水の濃度“0.00277” [イオンmol / 水mol]に設定されています。
イオンを付けるプログラムadd_ionは設定値に応じて、水をイオンに置換します。水が無い場合はイオンを付けることができません。また、タンパク質・核酸・リガンドの末端に水素が付いていない場合は正常に動きません。
add_ionの設定
リボンの［MD］タブの［イオン付加］グループの右下隅にある［オプション］ボタン
をクリックすると、［add_ionの設定］ダイアログが開きます。ダイアログで[直接指定][中和のための最小数][濃度]のいずれかを選択し、イオンの付け方を設定できます。
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[直接指定]を選んだ場合は、Na+とCL-の数を入力して設定できます。
[中和のための最小数]を選んだ場合は、myPrestoのadd_ionのプログラムにより、系の電荷を中和する必要最低限の数のイオンが自動で付加されます。
[イオンの濃度]を選んだ場合は、イオンの濃度(イオンmol/水mol）を指定できます。系の電荷を中和するイオンが自動的に付加されます。
