Easy myPrestoのtplgeneXの実行で生成したトポロジーデータはファイルへ書き出しできます。また、通常のtplgeneXが出力するアスキー形式のトポロジーファイルを読み込み可能です。
書き出し
１．サムネイルビューでトポロジーデータを作成したシーンを選択します。
２．［ファイル］メニューから［保存］をクリックします。
➜ どのデータを書き出すかを選択するためのダイアログが表示されます。
３．“Tplgene topology”を選択して［OK］ボタンをクリックします。
４．ファイルダイアログが開くので名前をつけて［保存］ボタンをクリックします。
➜ tplgeneXが通常出力するアスキー形式のトポロジーファイルと同様の形式で出力されます。
読み込み
１．サムネイルビューでトポロジーデータを読み込ませたい分子データの含まれているシーンを選択します。
２．［ファイル］メニューから［開く］をクリックします。
３．ファイルダイアログから目的のトポロジーファイル（拡張子“tpl”）を選択し［開く］ボタンをクリックします。
➜ どの分子データにトポロジーデータを割り当てるかを選択するためのダイアログが表示されます。
４．トポロジーデータを割り当てる分子を選択して［OK］ボタンをクリックします。
➜ トポロジーファイルが読み込まれます。
トポロジーデータと分子データの間で、原子数や分子鎖数などが異なっている場合、MD計算を開始する際にエラーとなります。
現バージョンでは、ファイルからトポロジーデータを分子データに追加した場合、トポロジーデータの以下の初期値は求まりません。
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溶媒のセルタイプ |
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溶媒のモデル |
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ネットチャージ |
上記、2つについては、Cosgene実行前に、境界条件設定などの初期値の決定に利用されます。そのためファイルからトポロジーデータを読み込んだ場合はMD計算を開始する前に該当箇所を手動で設定する必要があります。
