後述の「Fast Multipole法」を参照してください。

　後述の「Generalized Born法」を参照してください。

　後述の「Accessible surface area法」を参照してください。

この設定が有効な場合、系の第一チェインの重心位置が球境界の中心となります。オフの場合、中心の座標をX,Y,Zで与えます。単位はÅです。

球境界の半径をÅ単位で設定します。

　後述の「Fast Multipole法」を参照してください。

この設定が有効な場合、系の第一チェインの重心位置が楕円境界の中心となります。オフの場合、中心の座標をX,Y,Zで与えます。単位はÅです。

楕円境界の軸XYZの半径をÅ単位でそれぞれ設定します。

　後述の「Fast Multipole法」を参照してください。

この設定が有効な場合、系の第一チェインの重心位置がCAP拘束の中心となります。オフの場合、中心の座標をX,Y,Zで与えます。単位はÅです。

CAP拘束の半径をÅ単位で設定します。この半径の内側では拘束力は0、外側ではポテンシャルで拘束されます。

CAP の壁を作る反発ポテンシャルの力の定数を設定します。

CAP の壁の反発ポテンシャルの形を以下の何れかで設定します。

式中のＲは、( チェインの重心 ) - ( CAP の中心 )　です。

２次関数パラボラポテンシャル                         HARM                 

  F = 0.5 * FORCAP * ( R - RADCAP ) **2

4次関数型ポテンシャル                                   BIQU                   

  F = 0.25 * FORCAP * ( R**2 - RADCAP**2 ) **2

　後述の「Fast Multipole法」を参照してください。

この設定が有効な場合、系の第一チェインの重心位置が周期境界の中心となります。オフの場合、中心の座標をX,Y,Zで与えます。単位はÅです。

周期境界の軸XYZの長さをÅ単位でそれぞれ設定します。

　後述の「PME / Ewaldの指定」を参照してください。

以下の何れかを選択します。

毎回計算する                                    NORM                               

座標情報の更新サイクルと同期する   HIGH                                 

　　「基本設定 - 座標情報の更新サイクル（UPDATE）」と同期します。

Fast Multipole 法のTree の深さを設定します。最小セルの個数は8**FMTREE 個であり、最小セルに原子が数個～数十個含まれるように設定します。オーバーフローで停止する場合は、この値を大きくします。

Fast Multipole 法の多極子展開の次数を設定します。FMPOLE が大きいと精度が上がるが速度は遅くなります。ただし、速度に及ぼす影響は少ないです。

Fast Multipole 法の最小セルに含まれる最大原子数を設定します。

GB 法において溶媒水領域の比誘電率を設定します。

温度によって変化しますが初期値は298Ｋ付近の誘電率を採用しています。

GB 法において蛋白質領域の比誘電率を設定します。

温度、タンパク質の種類によって変化しますが通常1～4 程度にとります。

ASA 法において溶媒水をプローブとする半径をÅ単位で設定します。通常水分子の半径として1.4～1.6 Å程度にとります。

ASA 法においてASA 項のエネルギー項への寄与のスケール因子を設定します。

ASA 法において、ASA の重なりを判定するための原子間距離をÅ単位で設定します。（原子半径＋プローブ半径）×２より長くとるが、長くしすぎると計算速度が低下します。

PMEでの計算間隔の調整方法を以下から選択します。

毎回計算する                                    NORM                               

座標情報の更新サイクルと同期する   HIGH                                 

  「基本設定 - 座標情報の更新サイクル（UPDATE）」と同期します。

PMEでのメッシュ数を2のべき乗で設定します。この値は、メッシュの間隔が1～3Å程度になるように設定します。間隔が狭いと精度は上がりますが計算時間が増加します。