合成容易性予測

[合成容易性予測]ボタンをクリックすると現在編集中のシーンに存在する分子データのリガンドに対してSyntheticAccessibilityによる合成容易性の予測を行います。結果はメッセージウィンドウに次のように表示されます。

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* SYNTHETIC ACCESSBILITY V1.0 *
* 2015/01/16 *
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INFORMATION>
1) QUERY MOLECULE : 0_input.mol2
2) SUBSTRUCTURE DB : C:\Program Files\FiatLux\Easy myPresto 2\myPresto\SyntheticAccessibility\sampleDB\atom_4.db
3) VERBOSE MODE : F
4) ATOM-BASE COEFFICIENT : -2.96250004E-02
5) BOND-BASE COEFFICIENT : 0.00000000
6) CHIRALITY COEFFICIENT : 0.258560002 
7) IDENTITY COEFFICIENT : 3.52700017E-02
8) GRAPH COEFFICIENT : -1.65660004E-03
INFORMATION> INPUT SUBSTRUCTURE DB
input DB version : composability substructure DB: ver 1.0
DB FILE :C:\Program Files\FiatLux\Easy myPresto 2\myPresto\SyntheticAccessibility\sampleDB\atom_4.db
LEVEL : 4
BASE : ATOM BASE
MOLECULES: 100000
INFORMATION> COMPOSABILITY RESULTS
INFORMATION> COMPOSABILITY WITH GRAPH COMPLEXITY
(1) NUMBER OF ATOM TYPES : 3
(2) ATOM TYPE HISTGRAM :
C.2 4
C.3 6
H 16
(3) NUMBER OF TRIPLET BONDS : 9
(4) BOND TRIPLET HISTGTRAM :
C.2 - C.2 - C.2 2
C.2 - C.2 - C.3 6
C.2 - C.2 - H 2
C.2 - C.3 - C.3 2
C.2 - C.3 - H 10
C.3 - C.2 - H 2
C.3 - C.3 - C.3 2
C.3 - C.3 - H 12
H - C.3 - H 10
IDENTITY 4 -> 3
IDENTITY 5 -> 3
IDENTITY 9 -> 3
IDENTITY 10 -> 3
IDENTITY 13 -> 3
IDENTITY 14 -> 3
IDENTITY 16 -> 7
IDENTITY 17 -> 2
IDENTITY 18 -> 3
IDENTITY 19 -> 3
IDENTITY 20 -> 3
IDENTITY 22 -> 3
IDENTITY 23 -> 3
IDENTITY 25 -> 3
IDENTITY 26 -> 3
(5) NUMBER OF CHIRAL CENTER ATOMS (Nchiral) : 0.0000
(6) NUMBER OF IDENTICAL ATOMS (Ssym) : 18.0000
(7) Fragment frequency (Sprob) : -70.0000
(8) GRAPH COMPLEXITY (Sgraph-comp) : 435.8902
@ SyntheticAccessibility = 1.987
# output.mol2 MULT 9.9999999999999935E-071
# output.mol2 LOG -70.000000000000000 
# output.mol2 MIN 0.0000000000000000 
INFORMATION> DB READ TIME = 4.68000025E-02 s
INFORMATION> ESTIMATE TIME = 1.55999959E-02 s

“@ SyntheticAccessibility = ####”の行が予測された結果です。

 合成容易性予測プログラムを使用する際は下記の文献をご参照ください。

Yoshifumi Fukunishi, Takashi Kurosawa, Yoshiaki Mikami, Haruki Nakamura.

Prediction of Synthetic Accessibility Based on Commercially Available Compound Databases.

Journal of Chemical Information and Modeling. (2014), 54 (12), 3259-3267.

 化合物の作成・編集