cosgeneについて
Easy myPresto v3.5には以下のバージョンのcosgeneが収録されています。
cosgene_pack211221
また、プラットフォーム毎に以下のバイナリを収録しています。
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<Easy myPrestoインストールディレクトリー> / myPresto / cosgene / bin |
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cosgene(.exe) |
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ローカルマシンシングルプロセス用 |
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cosgene_MPI(.exe) |
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ローカルマシンMPI用 |
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linux_x64 / |
cosgene |
リモートマシンシングルプロセス用 |
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cosgene_MPICH-3.0.el7 |
リモートマシンMPICH-3.0 CentOS 7用 |
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cosgene_MPICH-3.1.el6 |
リモートマシンMPICH-3.1 CentOS 6用 |
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cosgene_MPICH-3.2.u16 |
リモートマシンMPICH-3.2 Ubuntu 16.04用 |
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cosgene_OpenMPI-1.10 |
リモートマシンOpenMPI-1.10用 |
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linux_x86 / |
cosgene |
リモートマシンシングルプロセス用 |
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cosgene_MPICH-3.0.el7 |
リモートマシンMPICH-3.0 CentOS 7用 |
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cosgene_MPICH-3.1.el6 |
リモートマシンMPICH-3.1 CentOS 6用 |
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cosgene_MPICH-3.2.u16 |
リモートマシンMPICH-3.2 Ubuntu 16.04用 |
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cosgene_OpenMPI-1.10 |
リモートマシンOpenMPI-1.10用 |
ローカルマシンMPI用はWindows版ではMS-MPIを、Linux版ではMPICH-3.1を、Mac版ではMPICH-3.3を使用しています。
独自にコンパイルしたcosgeneをEasy myPresto上で利用したい場合は、次々項の「cosgeneバイナリの設定」をおこなってご利用ください。
扱えるデータの制限について
Easy myPrestoに付属しているcosgeneは以下の制限があります。
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最大原子数 |
100,000 |
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最大分子数（分子の種類） |
100 |
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最大分子鎖数 |
60,000 |
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最大結合パラメータ |
120,000 |
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最大結合角パラメータ |
120,000 |
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最大2面角パラメータ |
200,000 |
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最大2面角パラメータ（Improper） |
50,000 |
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最大位置拘束 |
100,000 |
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最大原子間距離拘束 |
500 |
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Ewald / PME 最大グリッド数 |
152 |
cosgeneバイナリの設定
Easy myPrestoに付属のcosgeneではなく、別途ご用意していただいたcosgeneを利用することもできます。この場合は使用するcosgeneのパスを指定する必要があります。
手順は以下の通りです。
１．［ファイル］メニューの［オプション(O)…］をクリックします。
➜ ［環境設定］ダイアログが表示されます。
２．［myPresto］タブの［ローカルPC］グループの［cosgene:］コンボボックスにローカルPCで利用するcosgeneバイナリをフルパスで入力します。”(bundle)”と入力するとEasy myPrestoに付属のcosgeneが選択されます。
３．［リモートコンピューター］グループの［cosgene:］コンボボックスにSSH接続先のコンピューターにインストールされているcosgeneバイナリのフルパスを入力します。”(bundle)”と入力するとEasy myPrestoに付属のcosgeneが選択されます。
