拘束条件

 

拘束条件を設定します。

 

位置拘束

CALPSR


 

位置拘束条件を設定します。

この設定が有効なとき以下の追加設定をおこないます。

 

位置拘束の重み

WETPSR

 

位置拘束の重みを設定します。

 

位置拘束の設定

 

 

どの原子に位置拘束を掛けるかを設定します。

 詳細については、「位置拘束設定」を参照してください。

 

 

 

距離拘束

CALDSR


 

原子間の距離拘束を設定します。

この設定が有効なとき以下の追加設定をおこないます。

 

原子間距離拘束の重み

WETDSR

 

原子間距離拘束の重みを設定します。

 

原子間距離拘束の設定

 

 

どの原子とどの原子の間に距離拘束を掛けるかを設定します。

 詳細については、「原子間距離拘束設定」を参照してください。

 

 

 

剛体モデルの適用指定

RIGIDM


 

分子に剛体モデルを適用するかどうかを以下から選択します。

剛体モデルでは、分子の特定の原子を剛体化し内部自由度を固定することができます。

 

適用しない                                                      NO                      

 

剛体モデルを適用しません。

 

自動作成する                                                  AUTO                 

 

剛体モデルを適用します。

溶媒モデルとしてTIP4Pを使用してモデリングを実行した場合は、必須の設定となります。また、「基本設定(1)-時間積分の仕方」として“Velocity-Verlet”を選択する必要があります。

この設定が有効なとき以下の方法で分子が剛体化されます。

 

(a)水分子以外の場合(分子名が"WAT"でない場合)

水素でない原子に対し1~3 つの水素原子が共有結合している場合に、それぞれ2~4原子を剛体として設定します。

 

(b)水分子の場合(分子名が"WAT"の場合)

水を構成する全原子を剛体として設定します。原子の相対位置はcosgene内部に保持している相対位置を使用します。“WAT”所属原子数が3 の場合はTIP3P として、4 の場合はTIP4P として扱います。

 

 本バージョンのEasy myPrestoでは、任意の原子に対して剛体モデルの適用を可能とする設定はおこなえません。

 




MD 計算