［保護基の付加］タブでは、末端残基の検出と補正をおこなうことができます。
以下に、その手順を示します。
１．アミノ酸残基のC原子と次の残基のN原子の距離が2.0Å以上離れているものを含むPDBファイルを読み込みます。
２．［残基編集］ダイアログの［保護基の付加］タブを表示させます。
３．［更新］ボタンをクリックして末端残基を検索します。
➜ 解析結果リストに該当箇所が列挙されます。
チェインIDの初めと終わりには［状態］に“鎖末端”と表示します。チェインIDが同じであるにも関わらずTERがなく原子間距離が離れている箇所には［状態］に“！”と表示し、［接続］のチェックが入っています。
４．［強調表示］にチェックをするとシーンウィンドウ上の該当残基がハイライトされます。
5．リストの［接続］のチェックを外すとチェインの分割をおこない［状態］が“！”から“鎖末端”に変わります。［ACEで保護］/［NMEで保護］にチェックを入れるとACE、NMEを配置します。［強調表示］されている残基にACE、NMEを配置するとACE、NMEが球体で表示されます。[Hを生やす]を実行すると保護基が付加されます。
