Easy myPrestoでは計算対象となる分子の種類によって以下の形式で初期構造を読み込む必要があります。
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タンパク質分子、核酸分子 |
.pdb形式 |
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リガンド分子 |
.pdb / .mol2 / .mol / .sdf形式 |
分子データの読み込み手順については、「ファイルの読み込みと書き出し」を参照してください。
Easy myPrestoでは、これらの分子データをもとに、myPrestoのtplgeneX、tplgeneLを呼び出しシミュレーションに必要となるトポロジーデータを作成します。
Easy myPrestoのモデリング処理フロー
リガンド分子の場合、必要に応じて前章のHを生やす/構造最適化/電荷計算の処理が必要です。mol2ファイルの場合で、Hが付いておりatom type / bond type /電荷の情報が正しく割り当てられている場合はその限りではありません。
ドッキングシミュレーションやin-silicoスクリーニングでは溶媒付加・カウンターイオン配置の必要はありません。
初期構造として利用するPDBファイルについて
・tplgeneXによってトポロジーデータが生成されます。
・tplgeneX実行時に、選択した力場パラメータに含まれない残基名、原子名が、読み込んだ分子データに見つかった場合、エラーとなります。
・データベースファイルと比較して水素原子が不足している場合は、処理の際にtplgeneXによって自動で追加されます。
・イオン原子は、HETATMレコードとして記述されている必要があります。
初期構造として利用するMOL2ファイルについて
・tplgeneLによってトポロジーデータが生成されます。
・原子情報(@<TRIPOS>ATOM情報)、結合情報(@<TRIPOS>BOND 情報)が必要です。
