タンパク質のどの部分にリガンドが結合するか分からない場合MolSiteで結合ポケットを予測することができます。
トポロジーデータ作成後、リボンの［ドッキング］タブの［ポケット予測］ボタンをクリックします。
➜ MolSiteによるリガンド結合ポケット予測が開始されます。（実行中にもう一度［ポケット予測］ボタンをクリックすると中止します。）
計算が終わると受容体ポケット領域をあらわすプローブ点の集合が作成されます。また、MolSite実行中に出力された内容が［sievgeneログ］ダイアログに追加されます。［sievgeneログ］ダイアログはリボンの［ドッキング］タブの［ドッキング］グループの［ログ］ボタンをクリックすることで表示されます。
［ツリービュー］に追加された“Sievgene pocket”の並び順とログ末尾の”point*.pdb total=*** average=*** top=*** variant=***”の記述の並び順はどちらもaverageの順になっています。
［ツリービュー］の一番上のポケット以外をドッキング計算に使用する場合は［ツリービュー］で使用する“Sievgene pocket”を右クリックし［グリッドポテンシャルの作成］および［ドッキングシミュレーション..］を実行します。
