概要

Easy myPrestoは、産業技術総合研究所が開発した分子シミュレーションシステムmyPrestoのインターフェースソフトウェアです。グラフィカルな操作で簡単にMD計算、ドッキング計算などが実行できます。主要な機能は以下のとおりです。

トポロジー生成機能

　MF Tplgene

cosgene/sievgene/in-silicoスクリーニングで使用するトポロジーファイル、構造ファイルの準備を行うための機能です。力場の選択、対象の系への溶媒の付加、カウンターイオン配置など計算に必要となるファイルの作成が行えます。

 

ドッキング計算機能

　MF Sievgene

sievgeneを使ったドッキング計算を実行します。対象となるタンパク質分子に対して複数のリガンドを一度にドッキングさせることができます。

 

また、下記の機能は有償版(MF myPresto)にて提供されています。有償版についてはhttps://www.fiatlux.co.jp/inquiry.htmlにお問合せ下さい。

リガンド編集機能

マウス操作でリガンドの編集が行えます。

 

MD計算機能

　MF Cosgene

cosgene を使ったMD計算を実行します。本ソフトウェアを実行中のローカルPC上での計算、SSHを利用したリモートコンピューター上での計算、MPIを使った並列計算機上での計算をサポートしています。

 

トラジェクトリー解析機能

MD計算によって得られたトラジェクトリーデータに対して、距離解析やRMSD解析などを実行できます。構造データ、トラジェクトリーデータなどは主要なファイル形式でエクスポートができるため、外部の有用な解析ツールとの連携が可能です。

 

in-silicoスクリーニング計算機能

産業技術総合研究所より配布されている200万化合物とリファレンスタンパク質の分子データを使って、DSI法/MTS法によるin-silicoスクリーニングが行えます。

 

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