グリッドポテンシャル生成時に利用できるパラメータは以下のとおりです。
レセプター原子：プローブ点からの距離（Å）
レセプター原子を決定します。レセプター原子は、プローブ点とこの距離によって決まる領域内に存在する原子が選択されます。値の単位はオングストロームです。
原子半径オフセット：vdW半径オフセット（Å）
原子半径オフセット：coulomb半径オフセット（Å）
原子半径オフセット：van dar Waals半径の係数
タンパク質分子上の原子とグリッドの格子点との距離により、この格子点が原子内か原子外かを判定します。A.S.A.は原子表面に対して球を転がした場合の球の中心がとり得る面をあらわし、この球の半径をそれぞれ設定します。このときタンパク質界面生成でのタンパク質原子のダンピング係数を“van der Waals半径の係数”で設定します。
Accessible surface area：計算方法
Accessible surface area （A.S.A.）の計算方法を以下から設定します。
|
Pairwise |
|
Richmond |
Accessible surface area：メッシュ点オフセット
sievgeneでのA.S.A.はA.S.A.面上の等間隔に配置した点（メッシュ点）で表現します。各原子の表面を表現するために原子半径に加算するオフセットを設定します。
グリッドポテンシャル：サイズのマージン（Å）
グリッドポテンシャルのサイズは、プローブ点座標の最大値-最小値で構成される直方体となります。この設定は、それに加えるサイズのマージンとなります。
グリッドポテンシャル：スムージング回数
グリッドポテンシャル：補間方法
生成されたグリッドポテンシャルは格子点ごとに計算するため、隣り合う格子点と値が不自然に大きく異なる場合があり、この状態を緩和するために平滑化をおこないます。スムージング回数は大きいほどポテンシャル面は滑らかになりますが、大きすぎると一様なポテンシャルになります。
