基本設定(2)

 

シミュレーション時間の設定、タイムステップの設定などをおこないます。

 

シミュレーション時間の上限

SETTIM

 

 

シミュレーション時間の上限をピコ秒単位で設定します。後述の、シミュレーションループの条件×タイムステップがこの値より大きい場合、この設定時間で打ち切られます。

 

計算時間の上限

CPUTIM

 

 

CPU時間での上限を秒単位で設定します。

 

シミュレーションループの上限

LOOPLI

 


MDシミュレーションの最大ループ回数を設定します。

 

タイムステップ

TIMEST

 

 

MDシミュレーションのタイムステップをフェムト秒単位で設定します。

 

 通常は、0.5~1.0 fs、系のすべての水素原子に対してSHAKEまたは剛体モデルを使用する場合は、1.0~2.0 fsに設定します。

 

座標情報の更新サイクル

UPDATE

 

 

座標情報の更新サイクルを設定します。

1-5静電相互作用エネルギーにCUTOFF が用いられている場合、相互作用テーブルの更新サイクルになります。また、周期境界条件の場合は、ユニットセルから飛び出した原子の座標をユニットセル内に補正する計算の更新サイクルとなります。

 

 




MD 計算