編集

表現データに対して以下の設定が可能です。

タイプ

設定	説明
Dot	各原子を点で表示します
Sphere	各原子を半径0.3Åの球で表示します
vdW Sphere	各原子をその原子種別のvan dar Waals半径で表示します
Wireframe	各原子の結合をワイヤーフレームで表示します
Stick	各原子の結合を半径0.2Åの太さのスティックで表示します
Sphere & stick	各原子を半径0.3Åの球、結合を半径0.2Åの太さのスティックで表示します
Backbone stick	タンパク質分子の隣り合うCα原子を繋いだスティックで表示します。
Ribbon	タンパク質分子が持つ2次構造情報をもとに、隣り合うCα原子を繋いだリボンで表示します。
Tube	タンパク質分子の隣り合うCα原子を繋いだチューブで表示します。
surface	分子表面で表示します。分子表面の詳細な設定については「分子表面の表示と編集」を参照してください。
Hydrogen bonds	原子間の水素結合の情報がある場合にそれを水色破線で表示します。

カラータイプ

設定

説明

CPK

各原子を原子種別に色づけします

残基

残基の種類別に色づけします。

それぞれの残基ごとに以下の色が割り当てられています。

アミノ酸	カラー
アラニン	ダークグレイ
アルギニン	ブルー
アスパラギン	シアン
アスパラギン酸	ブライトレッド
システイン	イエロー
グルタミン	シアン
グルタミン酸	ブライトレッド
グリシン	ライトグレイ
ヒスチジン	ペールブルー
イソロイシン	グリーン
ロイシン	グリーン
リシン	ブルー
メチオニン	イエロー
フェルアラニン	ミッドブルー
プロリン	フレッシュ
セリン	オレンジ
スレオニン	オレンジ
トリプトファン	ピンク
チロシン	ミッドブルー
バリン	グリーン

ヌクレオチド	カラー
アデニン	ブルー
シトシン	オレンジ
グアニン	ブライトレッド
チミン	グリーン
ウラシル	ダークグレイ

Chain

分子鎖ごとに色づけをします。

Charge

各原子に設定されている電荷の値をもとに色づけをします。

電荷マイナス	⇔	電荷プラス
赤	白	青

B-Factor

各原子に設定されている等方性温度因子の値をもとに色づけをします。

温度因子マイナス	⇔	温度因子プラス
青		赤

Secondary structure

タンパク質分子を2次構造タイプ別に色づけします。タンパク質分子以外の分子は白で表示されます。

αへリックス	赤
βシート	緑
ループ	白

Hydropathy

各アミノ酸の疎水性指標をもとに色づけをします。親水性のアミノ酸はピンクで、疎水性のアミノ酸は黄色で表示されます。

疎水性指標の値	カラー（RGB）
-5.0 ～ -3.9	255 0 149
-3.5 ～ -2.4	255 90 99
-2.0 ～ 0.9	255 174 49
1.3 ～ 3.1	255 220 19
3.5 ～ 5.0	255 255 0

ユーザー設定

直接色を設定します。

「ユーザー設定の色」の列にあるボタンを押すと、カラーを選択するダイアログが表示されます。

原子選択

前述の表示タイプ、カラータイプをどの原子に適用するかを選択式で与えます。この式で選択されなかった原子は何も表示されません。

「選択式」

　ツリービューで［Representation］(表現のデータ)の項目をクリックして、プロパティビューで表示方法を変更することもできます。

➜>

　［分子表現設定］ダイアログの［分子選択式］ボタンをクリックすると、選択式の一覧表が表示されます。［分子表現設定］ダイアログで行頭の数字をクリックした後、一覧表の項目をクリックすると、クリックした字句を［原子選択］の欄に追加できます。

➜

透過率

0～100の値で表示される分子の絵の透過度を設定できます。100に近いほど透過度が増します。

トラジェクトリー平滑化

トラジェクトリーの前後のフレームの原子座標を平均化して表示します。

表現の追加と編集