基本設定

 

極小化計算のための基本設定をおこないます。

 

方法

METHOD

 

 

エネルギー極小化の方法を以下から選択します。

 

最急降下法(Steepest) STEE


SHAKEの方法

SHAKEM

 

 

SHAKEの方法を以下から選択します。

 

おこなわない NOSH

 

  SHAKEをおこないません。

 

独立した拘束として計算する HBON

 

  他の拘束と重ならない、独立した拘束として計算します。

 

関連しあう拘束を反復法を用いて計算する ALLB

 

 互いに関連しあう拘束すべてを反復法で計算します。

 

 本バージョンのEasy myPrestoでは、SHAKEのための拘束情報を自動で生成します。

 

 

共役勾配法(Conjugate) CONJ


Line searchループ回数

LINESE

 

 

Line search のループ回数を設定します。あまり小さな値を与えるべきではありません。

 

Line search収束判定閾値

CONVLI

 

 

Line search の収束判定の閾値を設定します。

 

( DIRGRD / DIRGRS ) ≦ CONVL に達すると収束したとみなす。

 

 DIRGRD : Current Directional Derivative.

 DIRGRS : Initial Directional Derivative.

 

 

 

計算時間の上限

CPUTIM

 

 

CPU時間での計算の上限を秒単位で設定します。

 

シミュレーションループの上限

LOOPLI

 

 

シミュレーションのループ回数を設定します。

 

座標情報の更新サイクル

UPDATE

 

 

座標情報の更新サイクルを設定します。

1-5静電相互作用エネルギーにCUTOFF が用いられている場合、相互作用テーブルの更新サイクルになります。また、周期境界条件の場合は、ユニットセルから飛び出した原子の座標をユニットセル内に補正する計算の更新サイクルとなります。

 

標準出力の出力サイクル

MONITO

 

 

標準出力の出力サイクルエネルギー、RMSDなどの出力を行うサイクルを設定します。

 

収束判定条件

CONVGR

 

 

root mean square summation of force (R.M.S.F.) が指定の値より小さい場合、収束したと判定し計算を終了します。単位は(kcal/mol/A)です。

 

カットオフの長さ

CUTLEN

 

 

相互作用のカットオフ長をÅ単位で設定します。

 




 エネルギー極小化計算