実行と結果の確認

 

設定をおこなった後、[実行]ボタンをクリックしてドッキング計算を開始します。

 

 

 sievgeneが起動し、計算中の状態がメッセージウィンドウに表示されます。途中で処理を中断したい場合は、[中断]ボタンをクリックしてください。

 

 

計算が終わると結果が以下のようにそれぞれのウィンドウに表示されます。

 

[sievgeneログ]ダイアログ

 

sievgeneのログとsievgeneによって出力されたスコアファイルの内容がsievgeneログ]ダイアログに追加されます。リボンの[ドッキング]タブの[ドッキング]グループの[ログ]ボタンをクリックすることで表示されます。

 

 

スコアファイル:

 

 

シーンウィンドウ

 

 

 

[Sievgeneドッキングシミュレーター]ダイアログの[結果]タブ

 

[名前順でソート]ボタンをクリックすると、リガンド名の順に並び替えます。また、スコア順でソートをクリックすると、各リガンドの結果の1番目のスコアで比較して並び替えます。

リガンド名の横のチェックボックスをオン/オフすることで、シーンウィンドウ上の分子の表示/非表示を切り替えられます。


[書き出し]ボタンによって、そのコンフォメーションの座標をmol2ファイルとしてエクスポートできます。


また、[複合体の作成]ボタンをクリックすると、その分子とタンパク分子との複合体の分子データが作成されます。この分子データに対してtplgeneXを実行後MD計算が可能です。




 ドッキング計算