対応ファイルフォーマット

Easy myPrestoは、以下の形式のファイルを読み込み、シーン上に可視化できます。

分子ファイル	拡張子	説明
PDB Version 3.3	pdb	Protein Data Bank File version 3.3 (RCSB)
mmCIF	cif	The Macromolecular Crystallographic Information File
MMTF	mmtf	The Macromolecular Transmission Format
MOL2	mol2	Tripos社 SYBYL分子ファイルのポータブル表現
MDL molfile	mol	MDL 分子ファイル
MDL SDfile	sdf	MDL structure-dataファイル

トラジェクトリーファイル	拡張子	説明
AMBER Trajectory	mdcrd	AMBER Trajectoryファイル (周期境界ボックスを含むもの、そうでないものどちらも対応しています)
AMBER Restart	restart	AMBER Restartファイル
AMBER NetCDF Trajectory	nc	AMBER NetCDFトラジェクトリーファイル
Cosgene Trajectory	cor	myPresto cosgeneトラジェクトリーファイル
Cosgene Energy Trajectory	ene	myPresto cosgeneエネルギートラジェクトリーファイル
DCD	dcd	CHARMM、NAMDなどによって出力されたトラジェクトリーデータ
GROMACS	trr	倍精度、ポータブルの両方に対応

その他のファイル	拡張子	説明
Tplgene Topology	tpl	myPresto tplgeneXによって出力されたトポロジーファイル
Sievgene Grid potential	grid	myPresto sievgeneによって出力されたグリッドポテンシャルファイル。グリッドの数は縦横高さ60である必要があります。
Sievgene Pocket	pocket	myPresto に付属のmake_pointによって出力されたプローブ点の集合です。中身はPDBフォーマットである必要があります。

Easy myPrestoは、以下の形式でファイルへ書き出しができます。

分子ファイル	拡張子	説明
PDB Version 3.1	pdb	Protein Data Bank File version 3.3 (RCSB)
MMTF	mmtf	The Macromolecular Transmission Format
MOL2	mol2	Tripos社　SYBYL分子ファイル
MDL molfile	mol	MDL 分子ファイル

トラジェクトリーファイル	拡張子	説明
AMBER Trajectory	mdcrd	AMBER Trajectoryファイル (周期境界ボックスを含むもの、そうでないものどちらも対応しています)
AMBER Restart	restart	AMBER Restartファイル
Cosgene Trajectory	cor	myPresto cosgeneトラジェクトリーファイル
DCD	dcd	CHARMM、NAMDなどによって出力されたトラジェクトリーデータ
GROMACS	trr	倍精度、ポータブルの両方に対応

その他のファイル	拡張子	説明
エネルギートラジェクトリー	csv	CSV形式のエネルギートラジェクトリーファイルです。
エネルギートラジェクトリー	plt	GNU-plotで直接読み込み可能なエネルギートラジェクトリーファイルです。
Tplgene Topology	tpl	myPresto tplgeneXによって出力されたトポロジーファイル
Sievgene Grid potential	grid	myPresto sievgeneによって出力されたグリッドポテンシャルファイル。
Sievgene Pocket	pocket	プローブ点の集合です。

Easy myPrestoでは、PDBファイルの以下のレコードを認識し内部データを構築します。

ATOM, CONECT, ENDMDL, END, HEADER, HETATM, HELIX, MODEL, SHEET, SSBOND, TER

・Easy myPrestoは、CONECTレコードに記録された内容に従って、共有結合(ジスルフィド結合を含む)を生成します。共有結合は、CONECTレコードの有無に関わらず必要に応じて自動で生成されます(ジスルフィド結合を含む)。

Easy myPrestoでは、PDBファイルの以下のレコード情報をファイルへ書き出します。

ATOM, CONECT, HETATM, HELIX, SHEET, SSBOND, TER

　上記以外の情報は書き出されないため、オリジナルデータへの上書きは避けてください。