タンパク質のどの部分にリガンドをドッキングさせるかを決め、そこに受容体ポケット領域を示すプローブ点を生成します。
手順は以下のとおりです。
１．トポロジーデータ作成後、リボンの［ドッキング］タブの［プローブ点の作成］ボタンをクリックします。ツリービューで［Molecule:…］を右クリックし、［プローブ点の作成］のメニューからダイアログを表示することもできます。
➜ ［Sievgene 受容体ポケットの作成］ダイアログが表示されます。
同時に、シーンウィンドウ上にポケットの位置と大きさをあらわす球が表示されます。
２．マウスを使って受容体ポケットを生成したい位置に球を移動します。
各マウスボタンと球の動き方の対応は以下のとおりです。
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マウス左クリック ＋ マウスドラッグ |
球がマウスカーソルに追従して移動 |
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マウス右クリック ＋ マウス上下ドラッグ |
球が奥行き方向に移動 |
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マウスホイールクリック ＋ マウス上下ドラッグ |
球の半径が増加／減少 |
直接球の座標を入力する場合は、以下のボックスに3次元座標を入力します。
また、クリックした原子座標を球の中心座標にすることもできます。その場合以下のボタンをオンにした後、シーンウィンドウ上で目的の原子を直接マウスクリックします。
球の半径は、スライダーで変更するか、直接以下のボックスに値を入力します。
３．球の位置と大きさが決まったら［OK］ボタンをクリックします。
➜ 受容体ポケット領域をあらわすプローブ点の集合が作成されます。
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リボンの［ドッキング］タブの［グリッドポテンシャルの作成］ボタンが有効になります。
