原子間距離拘束の設定は、各ジョブの“拘束条件”の[距離拘束の設定]ボタンからおこないます。
ボタンをクリックすると設定のためのダイアログが開きます。
拘束条件は複数追加できます。新しい条件を追加する場合は、[追加]ボタンをクリックします。
1つの拘束条件で設定可能なパラメータは以下のとおりです。
パラメータ |
説明 |
チェイン1 |
1つ目の原子または原子集団が属する分子鎖番号です。
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残基1 |
1つ目の原子または原子集団が属する残基番号です。
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原子名1 |
1つ目の原子名です。アスタリスクでワイルドカード指定ができます。その場合、距離拘束対象の片方が、1つの原子ではなく原子集団となります。例えば、“H*”と設定した場合は、その残基に含まれるすべての原子が距離拘束の対象となります。
原子集団が6つ以上になるとエラーとなります。
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チェイン2 |
2つ目の原子または原子集団が属する分子鎖番号です。
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残基2 |
2つ目の原子または原子集団が属する残基番号です。
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原子名2 |
2つ目の原子名です。1つ目と同様にアスタリスクでワイルドカード指定ができます。
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下限距離 |
距離拘束の下限値とする距離をÅ単位で入力します。
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上限距離 |
距離拘束の上限値とする距離をÅ単位で入力します。 上限値/下限値の範囲内に2原子間距離があるときは、原子は自由に運動します。
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