原子間距離拘束設定


原子間距離拘束の設定は、各ジョブの“拘束条件”の[距離拘束の設定]ボタンからおこないます。

 

 

ボタンをクリックすると設定のためのダイアログが開きます。

 

 

拘束条件は複数追加できます。新しい条件を追加する場合は、[追加]ボタンをクリックします。

 

1つの拘束条件で設定可能なパラメータは以下のとおりです。

 

パラメータ

説明

チェイン1

1つ目の原子または原子集団が属する分子鎖番号です。

 

残基1

1つ目の原子または原子集団が属する残基番号です。

 

原子名1

1つ目の原子名です。アスタリスクでワイルドカード指定ができます。その場合、距離拘束対象の片方が、1つの原子ではなく原子集団となります。例えば、“H*”と設定した場合は、その残基に含まれるすべての原子が距離拘束の対象となります。

 

 原子集団が6つ以上になるとエラーとなります。

 

チェイン2

2つ目の原子または原子集団が属する分子鎖番号です。

 

残基2

2つ目の原子または原子集団が属する残基番号です。

 

原子名2

2つ目の原子名です。1つ目と同様にアスタリスクでワイルドカード指定ができます。

 

下限距離

距離拘束の下限値とする距離をÅ単位で入力します。

 

上限距離

距離拘束の上限値とする距離をÅ単位で入力します。

上限値/下限値の範囲内に2原子間距離があるときは、原子は自由に運動します。

 



 マウス操作での拘束設定


 Cosgene MD 計算