3DdataConstruction

myPrestoの3DdataConstructionシステムの分子構造の3次元化処理ツール(create3d)を用いてMDL sdfデータ(2次元)からSybyl MOL2データ(3次元)を作成します。

手順は以下のとおりです。

１．リボンの[スクリーニング]タブにある[3DdataConstruction]ボタンをクリックします。

➜ [3DdataConstruction]ウィンドウが表示されます。

２．各項目を入力します。

ホスト名

計算サーバーのホスト名またはIPアドレスを入力します。

ユーザー名

計算サーバーにログインするためのユーザー名を入力します。

パスワード

計算サーバーにログインするためのパスワードまたはパスフレーズを入力します。

ポート番号

計算サーバーにssh接続するためのTCPポート番号です。ssh用のポート番号は一般的には22ですが、サーバーの手引書や管理者の指示に従ってください。

2D sdf

ローカルPCでの入力sdfファイルのパスを指定します。圧縮形式(*.sdf.gz)を指定する事もできます。

3D mol2

ローカルPCでの出力mol2.gzファイルのパスを指定します。

source

データソース名を指定します。指定した文字列が、Sybyl mol2ファイルのコメント項目、SOURCE欄に出力されます。

supplier

入力sdfにサプライア名タグ(SUPPLIER)が存在しない場合に指定します。本内容がmol2ファイルのコメント行SUPPLIERに記載されます。

idtag

入力SDFにIDNUMBERタグが存在しない場合に設定します。指定した文字列のタグをIDのタグと見なし、 mol2ファイルのコメント行IDNUMBERに記載されます。

３．［接続］ボタンをクリックして計算サーバーに接続します。

４．［実行］ボタンをクリックして、計算を開始します。

➜ 計算に必要なデータが作業ディレクトリーに転送され、計算が開始されます。

一度、計算を開始するとEasy myPrestoを終了しても3DdataConstructionの計算は独立して継続されます。

計算開始後にEasy myPrestoを終了する際は、必ず現在の編集内容をワークスペースファイルとして保存してください。3DdataConstructionのプロセス実行状態を追跡できなくなります。

５．計算が完了すると出力ファイルを計算サーバーからローカルの指定したパスに転送します。

スクリーニング

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