境界条件

境界条件を設定します。

境界条件

BOUNDA

境界条件を以下から選択します。

境界なし ＮＯ

　境界を設定しません。

Fast Multipole法	USEFMM
後述の「Fast Multipole法」を参照してください。
Generalized Born法	CAL-GB
後述の「Generalized Born法」を参照してください。
Accessible surface area法	CALASA
後述の「Accessible surface area法」を参照してください。

球 SPHERE

球境界を設定します。

系の第一チェインの重心を中心にする	SETCEN CENTRX CENTRY CENTRZ
この設定が有効な場合、系の第一チェインの重心位置が球境界の中心となります。オフの場合、中心の座標をX,Y,Zで与えます。単位はÅです。
半径	RADIUS
球境界の半径をÅ単位で設定します。
Fast Multipole法	USEFMM
後述の「Fast Multipole法」を参照してください。

楕円体 ELLIPS

楕円体境界を設定します。

系の第一チェインの重心を中心にする

SETCEN

CENTRX

CENTRY

CENTRZ

この設定が有効な場合、系の第一チェインの重心位置が楕円境界の中心となります。オフの場合、中心の座標をX,Y,Zで与えます。単位はÅです。

半径

ELLIPA

ELLIPB

ELLIPC

楕円境界の軸XYZの半径をÅ単位でそれぞれ設定します。

Fast Multipole法

USEFMM

　後述の「Fast Multipole法」を参照してください。

CAPwater NO 、CALCAP=CALC

境界を設定しません。境界の代わりにCAP拘束を与えて、系の運動を拘束します。

系の第一チェインの重心を中心にする	SETCEN CENTRX CENTRY CENTRZ
この設定が有効な場合、系の第一チェインの重心位置がCAP拘束の中心となります。オフの場合、中心の座標をX,Y,Zで与えます。単位はÅです。
半径	RADCAP
CAP拘束の半径をÅ単位で設定します。この半径の内側では拘束力は0、外側ではポテンシャルで拘束されます。
反発ポテンシャルの力の定数	FORCAP
CAP の壁を作る反発ポテンシャルの力の定数を設定します。
反発ポテンシャルの形	FUNCAP
CAP の壁の反発ポテンシャルの形を以下の何れかで設定します。式中のＲは、( チェインの重心 ) - ( CAP の中心 )　です。２次関数パラボラポテンシャル *HARM* F = 0.5 * FORCAP * ( R - RADCAP ) *2 4次関数型ポテンシャル* *BIQU* F = 0.25 * FORCAP * ( R2 - RADCAP2 ) **2
Fast Multipole法	USEFMM
後述の「Fast Multipole法」を参照してください。

周期境界条件（直方体） PERI

周期境界条件（平行六面体） HEXA

周期境界を設定します。

系の第一チェインの重心を中心にする

SETCEN

CENTRX

CENTRY

CENTRZ

この設定が有効な場合、系の第一チェインの重心位置が周期境界の中心となります。オフの場合、中心の座標をX,Y,Zで与えます。単位はÅです。

ユニットセルの大きさ

LXCELL

LYCELL

LZCELL

周期境界の軸XYZの長さをÅ単位でそれぞれ設定します。

PME / Ewaldの指定

　後述の「PME / Ewaldの指定」を参照してください。

系の重心を座標の原点に置く

SETORI

系の重心を座標の原点に置きます。

重心固定

STOPCE

並進運動または回転運動をゼロにする重心の固定をおこなう設定です。

以下から選択します。

重心を固定しない NO

系の第一チェインの並進運動量をゼロにする TRAN

系の第一チェインの回転運動量をゼロにする ROTA

系の第一チェインの並進と回転の運動量をゼロにする BOTH

Fast Multipole法

USEFMM

静電力の計算の際に、クーロン力をカットオフしない方法としてFast Multipole 法(FMM)を適用します。この設定が有効なとき以下の追加設定をおこないます。

1-5静電相互作用の計算間隔	FMMSPD
以下の何れかを選択します。毎回計算する *NORM* 座標情報の更新サイクルと同期する *HIGH* 　　「基本設定 - 座標情報の更新サイクル（UPDATE）」と同期します。
Treeの深さ	FMTREE
Fast Multipole 法のTree の深さを設定します。最小セルの個数は8**FMTREE 個であり、最小セルに原子が数個～数十個含まれるように設定します。オーバーフローで停止する場合は、この値を大きくします。
FMM多極子展開の次数	FMPOLE
Fast Multipole 法の多極子展開の次数を設定します。FMPOLE が大きいと精度が上がりますが速度は遅くなります。ただし、速度に及ぼす影響は少ないです。
FMMの最小セルに含まれる最大原子数	FMNUMA
Fast Multipole 法の最小セルに含まれる最大原子数を設定します。

Generalized Born法

CAL-GB

溶媒効果として、Generalized Born法を使用します。この設定は、境界条件が“境界なし”のときのみ利用可能です。この設定が有効なとき以下の追加設定をおこないます。

水の誘電率	GBWELE
GB 法において溶媒水領域の比誘電率を設定します。温度によって変化しますが初期値は298Ｋ付近の誘電率を採用しています。
蛋白質の誘電率	GBMELE
GB 法においてタンパク質領域の比誘電率を設定します。温度、タンパク質の種類によって変化しますが通常1～4 程度にとります。

Accessible surface area法

CALASA

溶媒効果として、Accessible surface area法を使用します。この設定は、境界条件が“境界なし”のときのみ利用可能です。この設定が有効なとき以下の追加設定をおこないます。

プローブ半径	ASAPRO
ASA 法において溶媒水をプローブとする半径をÅ単位で設定します。通常水分子の半径として1.4～1.6 Å程度にとります。
ASA重み	AWAWEI
ASA 法においてASA 項のエネルギー項への寄与のスケール因子を設定します。
ASA用cutoff長	ASACUT
ASA 法において、ASA の重なりを判定するための原子間距離をÅ単位で設定します。（原子半径＋プローブ半径）×２より長くとるが、長くしすぎると計算速度が低下します。