Hを生やす
［構造最適化］グループの［Hを生やす］ボタンをクリックすると、“非解離型”か“解離型”を選択するプルダウンメニューが現れます。どちらかをクリックすると現在編集中または直近にクリックした分子データのリガンドに対して、Hgeneを用いて欠損している水素原子を補います。
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構造最適化
［構造最適化］グループの［構造最適化］ボタンをクリックすると、“Minimize”か“MD”を選択するプルダウンメニューが現れます。どちらかをクリックすると現在編集中または直近にクリックした分子データのリガンドに対して、Cosgeneを用いてMinimize計算かMD計算を行います。また、［構造最適化］ボタンをクリックすると現れるプルダウンメニューには、次に示す設定項目があります。チェックの付け外しをすることで構造最適化計算の設定を操作することができます。
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Default charge |
化合物データに既に割り当てられている電荷の値を使用します。 |
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Gasteiger charge |
Gasteiger電荷計算を行います。 |
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Cosgene fix atom |
チェックを外した場合は対象化合物以外の原子を含めずに計算を行います。高速ですが他の分子とぶつかることがあります。 チェックした場合は対象化合物以外の原子を固定して系全体を計算します。 |
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電荷計算
［構造最適化］グループの［電荷計算］ボタンをクリックすると、“Gasteiger”か“MOPAC AM1”を選択するプルダウンメニューが現れます。どちらかをクリックすると現在編集中または直近にクリックした分子データのリガンドに対して、Hgeneを用いて選択した方法で電荷計算を行います。
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停止
構造最適化または電荷計算を開始すると計算中は［停止］ボタンが有効になります。［停止］ボタンをクリックすると計算を取り止めます。
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