前述の表示タイプ、カラータイプをどの原子に適用するかを選択式で与えます。この式で選択されなかった原子は何も表示されません。
選択式は、以下のような書式で与えます。
例：
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! hydrogen & resname:GLY & (atomno:1-500 | atomno:5670) |
式に使用できる字句とその意味は以下のとおりです。
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字句 |
意味 |
別名 |
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（） |
括弧 |
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＆ |
論理積 |
And |
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｜ |
論理和 |
Or |
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！ |
否定 |
Not |
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Around： 距離 |
指定距離以内の原子 |
AroundAtoms |
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AroundRes： 距離 |
指定距離以内の残基 |
AroundResidues |
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ElemName： 名前 |
元素名 |
ElementName |
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AtomName： 名前 |
原子名 |
An |
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AtomIdx： 番号 [ - [番号 ] ] |
原子インデックス（0～） |
AtomIndex, Ai |
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AtomNo： 番号 [ - [番号 ] ] |
原子シリアル番号 |
Ano |
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ResName： 名前 |
残基名 |
ResidueName,Rnam |
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ResSingleName： 名前 |
残基名（1文字表記） |
ResidueSingleName |
|
ResIdx： 番号 [ - [番号 ] ] |
残基インデックス（0～） |
ResidueIndex, Ri |
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ResNo： 番号 [ - [番号 ] ] |
残基シークエンス番号 |
ResidueNo |
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ChainId： ID |
分子鎖ID |
|
|
ChainIdx： 番号 [ - [番号 ] ] |
分子鎖インデックス（0～） |
ChainIndex |
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＊ |
すべての原子 |
All |
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ヘテロタイプ |
後述のヘテロタイプ |
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タンパク質分類名 |
後述のタンパク質分類名 |
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核酸分類名 |
後述の核酸分類名 |
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上記の“名前”以外の文字列は大文字、小文字の区別はありません。
また、空白も含めて名前を与えたい場合は、ダブルクウォートで括ります。
ヘテロタイプ
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項目 |
説明 |
|
Hetero |
ヘテロ原子すべて |
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Solvent |
溶媒 |
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NonSolvent |
非溶媒 |
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Water |
水 |
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Ion |
イオン（金属原子） |
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Ligand |
コファクターやリガンド |
タンパク質分類名
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項目 |
説明 |
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Protein |
タンパク質すべて |
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Amino |
アミノ酸すべて |
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AlphaCarbon |
Cα原子 |
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AminoBackbone |
アミノ酸の主鎖 |
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AminoSideChain |
アミノ酸の側鎖 |
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Helix |
αへリックス |
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Sheet |
βシート |
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Turn |
ターン |
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Large |
分子量130以上のアミノ酸 |
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Medium |
分子量110以上、130未満のアミノ酸 |
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Small |
分子量110未満のアミノ酸 |
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Buried |
タンパク質内部に潜り込む傾向があるアミノ酸 |
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Surface |
タンパク質表面に出る傾向があるアミノ酸 |
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Acidic |
酸性アミノ酸 |
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Basic |
塩基性アミノ酸 |
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Neutral |
中性アミノ酸 |
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Charged |
電荷をもつアミノ酸 |
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Polar |
親水性（極性を持つ）アミノ酸 |
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Hydrophobic |
疎水性アミノ酸 |
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Aliphatic |
脂肪族アミノ酸 |
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Aromatic |
芳香族アミノ酸 |
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Cyclic |
環式アミノ酸 |
|
Acyclic |
非環式アミノ酸 |
核酸分類名
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項目 |
説明 |
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Nucleic |
核酸すべて |
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DNA |
DNA |
|
RNA |
RNA |
|
NucleicBackbone |
核酸の主鎖 |
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NucleicSidechain |
核酸の側鎖 |
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AT |
AT |
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GC |
GC |
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Purine |
Purineヌクレオチド |
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Pyrimidine |
Pyrimidineヌクレオチド |
例：
① ! protein タンパク質以外の部分
② resno:3 残基のシークエンス番号が3のもの
③ resno:3 - 500 残基シークエンス番号が3から500のもの
④ hydrophobic 疎水性アミノ酸
⑤ protein & atomname:CA タンパク質でかつ原子名がCAのもの
⑥ chainidx:3 - インデックスが3番目以降の分子鎖
⑦ atomname:CA 原子名がCAのもの
⑧ atomname:” CA “ Cα原子（PDB）
⑨ atomname:”CA “ カルシウム原子（PDB）