軸の整列
リボンの［MD］タブの［軸の整列］ボタンをクリックすると、分子の主軸を空間座標軸に揃えます。
軸の整列により、xyz軸に平行な分子を囲むbounding boxの体積が小さくなります。水を付ける時に、整列前よりも少ない数の水で済むようになります。
水付加
リボンの［MD］タブの［水付加］グループの［孤立系］ボタンか［周期系］ボタンをクリックすると、サムネイルビューで現在選択されているシーンに対して、選択した形状の水を付加できます。［孤立系］ボタンをクリックすると、［水の中心］ダイアログが表示され、生成する水の中心を“系の中心”とするか系に含まれている“低分子の原子位置の平均”とするか選択することができます。
水を付ける場合、タンパク質・核酸・リガンドには[タンパク質編集]→[Hを生やす]、[リガンド編集]→[Hを生やす]の機能で、予め末端の水素を付けておく必要があります。水を付けた後に水素を付けると、水と水素が異常に近接するなどが起こり、正常にシミュレーションできなくなる恐れがあります。
setwaterの設定
リボンの［MD］タブの［水付加］グループの右下隅にある［オプション］ボタン
をクリックすると、［setwaterの設定］ダイアログが開きます。
ここで[孤立系][周期系]ボタンを押したときの水の厚さと使用するsetwaterのパスを設定できます。
[系の中心]で[境界ボリュームの中心]を選ぶと、xyz軸に平行な分子を囲むbounding boxの中心を基に水を付加します。
[系の中心]で[原子位置の平均]を選ぶと、系の全原子の座標を足し合わせて平均を取った値を基に水を付加します。
