MF myPresto

Contents:

• クイックスタートガイド
  • 1. 画面説明
  • 2. [ファイル]メニュー
  • 3. [ホーム]タブ
    • 3.1. データの貼り付け/切り取り/コピー
    • 3.2. 新しいシーンの作成/複製/削除
    • 3.3. 分子データのマージ
    • 3.4. 分子データの分離
    • 3.5. 原子選択
  • 4. [タンパク質編集]タブ
    • 4.1. 対称分子の計算
    • 4.2. 鎖の削除選択
    • 4.3. 残基編集
    • 4.4. 分子の重ね合わせ配置
    • 4.5. Hを生やす
    • 4.6. 分子表現設定
  • 5. [リガンド編集]タブ
    • 5.1. 原子座標の回転/並進移動、結合軸回転
    • 5.2. 結合の追加
    • 5.3. 原子団の追加
    • 5.4. 原子の種類の変更と削除
    • 5.5. Hを生やす
    • 5.6. リガンドの2次元の構造の3次元化
    • 5.7. リガンドの構造最適化
    • 5.8. 電荷計算
    • 5.9. 合成容易性予測
    • 5.10. 分子を中心に表示
  • 6. [MD]タブ
    • 6.1. 軸の整列
    • 6.2. 水付加
    • 6.3. イオンの付加
    • 6.4. tplgeneX実行
    • 6.5. Minimize/MD
  • 7. [トラジェクトリー]タブ
    • 7.1. トラジェクトリーツール
    • 7.2. グラフ表示
  • 8. [ドッキング]タブ
    • 8.1. ポケット予測
    • 8.2. プローブ点の作成
    • 8.3. プローブ点の削除
    • 8.4. グリッドポテンシャルの作成
    • 8.5. ドッキングシミュレーション
  • 9. [スクリーニング]タブ
    • 9.1. 3DdataConstruction
    • 9.2. スクリーニング

• Others
  • 3DdataConstruction のテスト実行
  • DevtoolSetのgccのインストール
  • HEMEの処理について
  • LocalでMPIを使ったMD計算をしたい
  • Manajaro Linux を使った計算環境の構築
  • MF myPresto v1.2.2.8 (Mac版)のシーンウィンドウで原子の絵をクリックしても、クリックした原子の情報が表示されない
  • 原子が黄色く表示されるのを解除したい
  • 残基を置換したい
  • Minimize/MDの境界条件の設定方法は？
  • Torqueのインストール手順
  • myPrestoで計算できるもの・計算できないものが知りたい
  • macOSのMF myPrestoで、[プローブ点の作成]をクリックした時に、MF myPrestoが強制終了する(2019/2/6 追加)