Minimize/MDの境界条件の設定方法は？

MF myPresto 上で水・イオンをつけた上で、計算する場合、周期境界条件は自動で設定されます。

ただし、一度水をつけたモデルをPDBなどの構造のファイルに書き出し、それを読み込んで計算する場合、水をつけた範囲の情報はファイルに保持されませんので、自動で境界条件の設定は行われません。再度境界条件の設定を行いたい場合、下記いずれかで設定する必要があります。

1. [鎖の削除選択]の機能などで水・イオンを除去し、[MD]タブの[水付加][イオン付加]の機能で再度水とイオンを付け直す。

2. [MD]タブの[Minimize][MD]ボタンをクリックし、ダイアログの[詳細設定]→[境界条件]で境界条件を入力して設定する。

上記2の場合、シーンウィンドウで分子をクリックするか、ツリービューで分子を選び、[表示]タブ→[分子情報]をクリックすると下記情報が表示されます。下図赤枠の部分に末端の原子の座標が表示されますので、境界条件を設定する目安となります。