6.4. tplgeneX実行

概要

この項ではトポロジーファイル(計算する系の力場のパラメータをまとめたファイル)を作成する手順を説明します。myPrestoのMDやドッキングシミュレーションでは下準備として必ず当ファイルが必要になります。

  • [tplgeneX実行] ボタンをクリックして、系全体のトポロジーファイルを作成します。

    図1:[tplgeneX実行]のクリック

    _images/tplgene1.png

    Note

    ボタンクリック後、アミノ酸/核酸/リガンド/水分子などは１つの分子データとしてマージされます。
    Option をクリックすると力場DBの設定が行えます。

    図2:オプションボタンのクリック

    _images/tplgene2.png

    Note

    力場DBから情報を抜き出し、各系に適したトポロジーファイルを作ります。アミノ酸・核酸は作成前の残基名。リガンドの場合はmol2のatom_type/bond_type/電荷の情報が、当処理時に重要になります。また、力場に記載のない残基名(リガンドでは原子)は処理ができずエラーになります。