8.5. ドッキングシミュレーション

概要

この項ではドッキングシミュレーションの操作手順を説明します。当操作は グリッドポテンシャルの作成が前提となります。

  1. [ドッキングシミュレーション]のボタンをクリックします。

    図1:[ドッキングシミュレーション]のクリック

    _images/DockingSimulation1.png

  2. [ドッキング対象]のタブで、リガンドのmol2ファイルや、MF myPrestoのWorkspaceで作成した分子から、ドッキングシミュレーションに使うリガンドの構造を選びます。

    図2:リガンドの構造の選択

    _images/DockingSimulation2.png

  3. [設定]タブで、myPrestoのマニュアルで紹介されている推奨設定([Fast][Precise][Moderate])、もしくは[カスタム設定]を選び、ドッキングシミュレーションのパラメータを設定します。

    図3:ドッキングシミュレーションのパラメーターの指定

    _images/DockingSimulation3.png

    Note

    [カスタム設定]はユーザーが独自のパラメータを設定できます。

  4. [実行]ボタンをクリックし、計算を開始します。

    図4:[実行]のクリック

    _images/DockingSimulation4.png

8.5.1. 結果タブについて

  • [結果]のタブでドッキングシミュレーションの結果を確認できます。

    図5:[結果]のタブのクリック

    _images/DockingSimulation5.png

  • 結果は名前順とスコア順でソートできます。

    図6:計算結果のソート

    _images/DockingSimulation6.png

  • チェックボックス(下図赤枠)でシミュレーション結果の構造の表示・非表示を切り替えられます。

    図7:計算結果のリガンドの構造の表示・非表示

    _images/DockingSimulation7.png

  • 下図赤枠の [書き出し]をクリックすると、計算結果のリガンドの構造をmol2等に保存します。[複合体の作成] をクリックすると新しくシーンを作り、作成したシーンにタンパク質-リガンドの複合体構造を書き出します。ゴミ箱のボタンをクリックすると不要な結果を削除します。

    図8:計算結果のリガンドや複合体の構造の書き出し

    _images/DockingSimulation8.png