5.7. リガンドの構造最適化

概要

この項ではリガンドの構造のみ、構造最適化を行う操作手順を説明します。当操作の前に必ずリガンドに水素を付けてください。

  1. シーンの全リガンドを構造最適化する場合は、 Option の[シーン内の全てのリガンドを対象とする]をONにします。

    図1:[シーン内の全てのリガンドを対象とする]のオプション

    _images/AddH3.png

    OFFの時はツリービューやシーンウィンドウで対象の分子をクリックして操作対象を選びます。

    図2:ツリービュー/シーンウィンドウの分子のクリック

    _images/Minimize1.png

  2. [構造最適化]ボタンをクリックし、[Minimize]/[MD] のいずれかを選ぶと、対象の分子のリガンドに対して(決まったパラメータで)構造最適化/MDを行います。

    図3:[構造最適化]のクリック

    _images/Minimize2.png

    Note

    • [Default charge]がONの時は、構造最適化処理前に割り当てた電荷を使います。[Gasteiger charge]がONの時は、Gasteiger法による電荷計算後に構造最適化を行います。

    • [Cosgene fix atom]がONの時は、リガンド周囲のアミノ酸の構造も踏まえて、リガンドの構造最適化が行われます。