5.6. リガンドの2次元の構造の3次元化

概要

この項では2次元の(.sdfなど平面的な構造)のリガンドを、RDKitを介し3次元構造に変換する操作手順を説明します。当操作の前に必ずリガンドに水素を付けてください。

  1. シーンの全リガンドを3次元構造に変換する場合は、Option の[シーン内の全てのリガンドを対象とする]をONにします。

    図1:[シーン内の全てのリガンドを対象とする]のオプション

    _images/AddH3.png

    OFFの時はツリービューやシーンウィンドウで対象の分子をクリックして操作対象を選びます。

    図2:ツリービュー/シーンウィンドウの分子のクリック

    _images/CalculateCharge1.png

  2. [3次元化]ボタンをクリックします。

    図3:[3次元化]のクリック

    _images/ZCoord1.png

    リガンドの中心が原点(0,0,0)に移動され、下図のように2次元の構造が3次元構造に変換されて表示されます。

    図4:[3次元化]前のリガンドの構造

    _images/ZCoord2.png

    図5:[3次元化]後のリガンドの構造

    _images/ZCoord3.png