7.1. トラジェクトリーツール

概要

この項ではMF myPrestoのトラジェクトリーツールの操作手順を説明します。

  1. [トラジェクトリー]タブにある、下記(1)～(7)いずれかのボタンをクリックし、[トラジェクトリーツール]のダイアログを開きます。ダイアログには下記に関連するタブが配置されており、クリックして切り替えることができます。

    (1) 原子の座標を計測
    (2) 2原子間の距離を計測
    (3) 3原子間の角度を計測
    (4) 2面角を計測
    (5) RMSD、RMSF
    (6) トラジェクトリーフレームの削除
    (7) トラジェクトリープレイヤー

  2. 上記(1)~(4)の機能では原子のindexを指定し、座標トラジェクトリーの各フレームの(1)～(4)の値をテキスト出力します。 上記(5)の機能では表示設定同様の原子選択式を使い、選択した部分のRMSDをテキスト出力します。 上記(6)の機能ではトラジェクトリーのフレーム数を指定して、トラジェクトリーの一部フレームの削除を行います。 上記(7)では座標トラジェクトリーのアニメーションの再生が行えます。

    図1:[原子の座標を計測]のindexの指定

    _images/TrajectoryTool1.png

    図2:原子のindexが0、100、200の原子の座標を出力したテキストファイルの例

    _images/TrajectoryTool2.png

    図3:トラジェクトリープレイヤーによる座標トラジェクトリーのアニメーションの再生

    _images/TrajectoryTool3.png

7.1.1. 水素結合

  • [水素結合]のボタンをクリックすると、座標トラジェクトリの各構造について水素結合を計算し、分子表示設定に水素結合の設定を追加します。

    図4:[水素結合]のクリック

    _images/HBond1.png