8.2. プローブ点の作成

概要

この項ではプローブ点の作成機能の操作手順を説明します。ポケットの位置がわかっている場合は(ポケット予測機能を使用せず)この機能で、プローブ点をGUIから手作業で指定できます。当操作の前に必ず tplgeneX実行ボタンでトポロジーファイルを作成してください。 水・イオンの付加は不要です。

  1. 系のトポロジーファイルを作成後、[プローブ点の作成]ボタンをクリックします。

    図1:[プローブ点の作成]のクリック

    _images/MakePoint1.png

  2. ポケット(プローブ点を作成する位置)をシーンウィンドウの透明な球体のドラッグ操作、またはダイアログに座標と半径を入力して指定します。

    図2:GUIによるポケット(プローブ点を作成する位置)の指定

    _images/MakePoint2.png

  3. [OK]ボタンをクリックして、プローブ点を作成します。

    図3:[OK]のクリック

    _images/MakePoint3.png

    Note

    レセプターに対し、既に配位しているリガンドの分子構造がある場合、そのリガンドの構造自体をプローブ点として使うこともできます。その場合、MF myPrestoの[ファイル]→[開く]のメニューでデータ形式を[Sievgene pocket]に切り替え、リガンドの構造(PDBファイル)をプローブ点のデータとして読み込んでください。※トポロジーファイルは読込前に作成してください。