9.1. 3DdataConstruction

概要

この項では2次元の(.sdfなど平面的な構造)のリガンドを、myPrestoの3DdataConstructionを使い、3次元構造(.mol2.gz)のファイルに書き出す手順を説明します。

Note

この機能には計算用のLinux PCが必要です。

  1. [3DdataConstruction]ボタンをクリックします。

    図1:[3DdataConstruction]のクリック

    _images/3DdataConstruction3.png

  2. 計算用PCに接続するためのSSHの設定を入力後、[接続]ボタンをクリックします。

    図2:[接続]のクリック

    _images/3DdataConstruction1.png

  3. 以下の情報を入力し[実行]ボタンをクリックします。計算終了後、3D mol2に指定したファイルが作成されます。

    入力する内容

    説明

    2D sdf

    icon をクリックして変換する.sdfを指定します。

    3D mol2

    書き出すファイル名を指定します。

    source

    mol2のコメント欄「SOURCE」に指定するデータソース名を指定します。(オプション)

    supplier

    mol2のコメント欄「SUPPLIER」に指定するサプライア名を指定します。(オプション)

    idtag

    .sdfにIDNUMBERのタグがない時に、化合物のIDとなるタグ名を指定します。(オプション)

    図3:[実行]のクリック

    _images/3DdataConstruction2.png