5.8. 電荷計算

概要

この項ではリガンドに原子タイプ/結合タイプ/電荷を割り当てる操作手順を説明します。 これらのパラメーターは、シミュレーションの際、リガンドに力場を割り当てる時等に使用されます。当操作の前に必ずリガンドに水素を付けてください。

  1. シーンの全リガンドの電荷を計算する場合は、 Option の[シーン内の全てのリガンドを対象とする]をONにします。

    図1:[シーン内の全てのリガンドを対象とする]のオプション

    _images/AddH3.png

    OFFの時はツリービューやシーンウィンドウで対象の分子をクリックして操作対象を選びます。

    図2:ツリービュー/シーンウィンドウの分子のクリック

    _images/CalculateCharge1.png

  2. [電荷計算]ボタンをクリックし、[Gasteiger][Mopac AM1] のいずれかを選ぶと、計算が開始されます。(計算は数秒で終了します)

    図3:[電荷計算]のクリック

    _images/CalculateCharge2.png

    Note

    PDBに含まれるリガンドには、電荷やmol2ファイルのatom type/bond typeの情報がありません。リガンドに力場を割り当てるプログラム(tplgeneL)はこれらの情報からトポロジーファイルを作成しており、パラメーターが未割当の場合、各種シミュレーションの前に、当機能でパラメーターを正しく割り当てる必要があります。