下記のスクリプトを使うと、ボール&スティックの表示にしている原子を選択できます。 スクリプト28行目を編集すると、ボール&スティック以外の形状の原子を選ぶこともできます。
data/SelectAtomsByShape.zip
ツールバーにある[スクリプトウィンドウを表示]のボタン、もしくは[表示]メニュー→[ウィンドウ]→[スクリプトウィンドウ]をクリックします。
下図のダイアログが開きますので、ダイアログ右下のフォルダーのアイコンをクリックし、スクリプトを読み込みます。
Enterキーもしくはダイアログの[実行]ボタンを押すとスクリプトを実行します。