MF myPresto

機能

MF myPresto
新機能・修正点

v3.6.1.46
新機能・修正点

MF myPresto v3.6.1.46の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. スクリーニング機能を富岳でも利用可能にした。
2. スクリーニング機能のウィンドウに、計算で使用したスクリーニング用のDBのパスを表示するようにした。
3. sievgene_dualに対応。
4. Ubuntu 22.04 LTSに対応

「修正点」

1. DSIの相互作用行列計算中に保存したworkspaceを開くと「DSI法を実行する」にチェックが入っていない不具合を修正。
2. Windows版でHgeneのエラーメッセージが出力されない不具合を修正。
3. スクリーニング機能のMTSの場合に「順位付け出力数」を500に設定しても1000個の結果が出力されていたので設定した個数出力するように修正。
4. Windows版でパスに日本語が含まれているとDCDトラジェクトリーとGROMACSトラジェクトリーの読み書きができなかったので修正。
5. クイックスタートガイドの内容を更新。

v3.5.1.44
新機能・修正点

MF myPresto v3.5.1.44の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. RHEL8、RHEL9に対応。
2. tplgeneXでMnイオンを処理できるように改善。
3. 電荷計算にPM3のオプションを追加。

「修正点」

1. トラジェクトリーツールの[RMSD/RMSF]タブの[重ね合わせ原子グループ]の[原子選択]のダイアログが表示されない不具合の修正。
2. ワークスペースを閉じた後シークエンスビューにシークエンスが残っていることがあり、これをクリックするとクラッシュする不具合を修正。
3. オプションでcosgene_MPIを選択してもMFmyPrestoを再起動すると反映されない不具合を修正。
4. tplgeneXで糖鎖を処理した時に、単量体の糖が複数あるものとして処理してしまう不具合を修正。
5. MDの座標Trajectoryは初期設定で書き出しありにした。
6. ML-MTSの候補化合物がない時にhit_listが作成されない不具合の修正。
7. 重ね合わせの原子間距離の表示で強制終了する不具合を修正。
8. 水ありの時[トラジェクトリ]タブ>[水素結合]実行後、Trajectoryの再生が1fps以下になる不具合を修正。
9. macOSでPDBのダウンロードが1回しかできなかったので修正。

v3.5.0.43
新機能・修正点

MF myPresto v3.5.0.43の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. PDBIDを入力するとファイルをダウンロードして表示する機能を追加。
   
2. mmCIFとMMTFを読み込む機能ならびにMMTFを書き出す機能を追加。
   
3. リガンド編集で複数のリガンドの水素原子付加、構造最適化、電荷計算をまとめて実行するオプションを追加。
   
4. myPrestoの3DdataConstructionをサポート。
   (SSH接続可能なLinux PCが必要です。計算完了時にスクリーニングに使用可能なmol2.gzが[3D mol2]のパスに出力されます。)
   
5. スクリーニング結果ダイアログにselectDSI/selectMTSのlogを表示できるように改善(スクリーニング結果に下図赤枠のタブが別途作成されます)。
   
6. 新しいLigandBoxのデータに対応(配布をご希望の方は弊社担当者にお問合せください)。
7. SSHの接続先ホストのフィンガープリントが変わった時にメッセージを出すように改善。

「修正点」

1. スクリーニング結果のSOURCE_IDの取得速度を改善。
2. リガンドのPを核酸のPと誤認識してリボンが表示される不具合を修正。

v3.4.3.42
修正点

MF myPresto v3.4.3.42の修正点をご紹介いたします。

「修正点」

1. ドッキングシミュレーションの結果の複合体をPDBに保存した際にatom serial numberに重複があったため1から付け直すように変更。
2. FADにHを生やすを実行すると、強制終了する不具合を修正。
3. プローブ点に-100以下の座標があるとドッキングシミュレーションに失敗する不具合を修正。
4. その他の細かい不具合を修正。

v3.4.1.40
新機能・修正点

MF myPresto v3.4.1.40の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. トラジェクトリーのRMSD計算機能を刷新し、トラジェクトリーのRMSF計算機能を追加。
2. トラジェクトリーツールで原子のIndexが不明な場合があるため、原子のPick機能を追加。
3. グリッドポテンシャルのBoundingBoxの表示・非表示を切り替える機能を追加。
4. HemeをtplgeneXの力場で処理するように変更。

「修正点」

1. ファイル名に日本語が入っているmm_workspaceファイルをダブルクリックで開けるように修正。
2. HiDPIディスプレイで表示した際に文字やアイコンが非常に小さく読み難くなっていたため、Qt含めサードパーティライブラリを更新。
3. 「保護基の付加」の機能で保護基をつけた時に対応する[接続]のチェックボックスのチェックが外れない不具合を修正。
4. 水を発生させた際に表示色がおかしくなることがある不具合を修正。
5. 旧バージョンのworkspaceファイルを読み込むと日本語が文字化けする不具合を修正。
6. スクリーニングでscreening_dataのディレクトリのパスのフォルダが存在しない時にプログラムがハングする不具合を修正。
7. スクリーニングで相互作用行列計算後に[次へ]のボタンが有効にならない不具合を修正。

v3.3.2.37
新機能・修正点

MF myPresto v3.3.2.37の修正点は下記のとおりです。

「修正点」

1. スクリーニングで既存の作業領域を検索して見つかったものを開こうとするとMFmyPrestoが強制終了する不具合を修正。
2. チェックボックス／ラジオボタンをクリックしても、見掛け上チェックが入らない／外れない不具合を修正。

v3.3.1.36
新機能・修正点

MF myPresto v3.3.1.36の修正点は下記のとおりです。

「修正点」

1. ポケット予測の機能で計算結果の取得に失敗する不具合を修正。

v3.3.0.35
新機能・修正点

MF myPresto v3.3.0.35の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. 最新版のmyPresto v5 に対応。
2. 分子をリスト表示し、リガンドの分子をワンクリックで表示/非表示にできる機能(分子リストビュー)を追加。
3. リガンドの2次元の構造式を表示する機能を追加。

「修正点」

1. mol2ファイルの書き出しで水素結合の情報まで書き出される不具合を修正。
2. FAQのドキュメントの更新

v3.2.1.34
新機能・修正点

MF myPresto v3.2.1.34の新機能・修正点をご紹介いたします。

「修正点」

1. 水素結合をCONNECTレコードとしてExportするようなっていたので修正。
2. ボールのポイントスプライト表示の色を修正。
3. Windowsのユーザー名に半角スペースが入っている際、外部プログラムの実行に失敗する不具合を修正。

v3.2.0.33
新機能・修正点

MF myPresto v3.2.0.33の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. ポケット探索の機能(MolSite)のサポート。
2. ローカルでcosgeneMPIを利用する機能を追加。
3. MDのトラジェクトリーのグラフ表示機能を追加。
   • 総エネルギー
   • 運動エネルギー
   • ポテンシャルエネルギー
   • 温度
   • セルサイズ
4. 水素結合の表示機能を追加。(座標トラジェクトリーの各フレームでの水素結合の表示も可能)
5. PDBファイルのREMARK 350(Biological unit)で対称構造を生成する機能を追加。
6. SurfaceのWireframe表示機能を追加。
7. 分子の主軸を空間の直交座標系にそろえる機能を追加。
8. ジョブ管理システムTorqueに対応。(In-silicoスクリーニング機能のみ)
9. 座標中心で水を付ける機能を追加。

「修正点」

1. 水の厚さやイオンの濃度を数値入力でも設定できるように改良。
2. その他細かい不具合の修正。

v3.0.5.31
新機能・修正点

MF myPresto v3.0.5.31の修正点をご紹介いたします。

「修正点」

1. スクリーニング機能の不具合を修正。
• selectMTSでSegmentation faultが起こる不具合を修正。
• sshでサーバーにログインし直した際に、ヒットリストのリガンドの個数が2倍に表示される不具合を修正。
• スクリーニングを中止したときスクリーニング開始ボタンが有効にならないことがあったため修正。
2. タンパク質編集タブにある残基編集の保護基を付ける機能で、処理がエラーの場合もチェックボックスにチェックが入る不具合を修正。
3. リガンド編集のタブで、テンプレートのmol2ファイルの読込をキャンセルした際に、マウスカーソルが変更されたまま通常のカーソルに戻らない不具合を修正。
4. ファイルの書き出しダイアログでtplgeneのログファイルを書き出す際に、MF myPrestoが強制終了する不具合を修正。
5. リガンド編集タブの構造最適化のCosgene fix atomの機能で、結晶水が削除される不具合を修正。
6. その他細かい不具合の修正。

v3.0.4.30
新機能・修正点

MF myPresto v3.0.4.30の修正点をご紹介いたします。

「修正点」

1. 画面が狭い時リボンタブ中のボタンのラベルの端が切れて読めなくなる不具合を修正。
2. Tplgeneモデリングのパネルで、リガンドがある場合や溶媒付加・カウンターイオンの付加をチェックをすると「ファイルのコピーに失敗」のエラーが出る不具合を修正。
3. 表示タブのウィンドウを表示するチェックボックスで、シークエンスビューのキャプションに分子名まで表示する場合があったため修正。
4. Ballをポイントスプライトで表示した際に、色合いがおかしくなっていたので修正。
5. 多量体を作成し、tplgene実行ボタンを押した際に、一部のPDBでエラーが表示される不具合を修正。
6. スクリーニング機能でSSHの接続先のLinuxのLocaleが英語の時に強制終了する不具合を修正。
7. selectMTSをmyPresto v4.400のものに置き換え。
8. Sceneを追加したときに、Sceneの後に記述されるナンバリングが他のシーンと同じになる場合があったため修正。
9. その他細かい不具合の修正。

v3.0
新機能・修正点

MF myPresto v3.0の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. in-silicoスクリーニングを実行するインターフェイスを追加。
2. トラジェクトリアニメーションの平衡化機能を追加。
3. 表示タブに各Windowの表示・非表示のインターフェイスを追加。

「修正点」

1. [Hを生やす]や[構造最適化]を行った際に、連続している低分子化合物間の結合が分断される不具合を修正
2. その他細かい不具合を修正

v2.1
新機能・修正点

MF myPresto v2.1の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. myPrestoの化合物合成容易性を予測するプログラム(SyntheticAccessibility)を実行するインターフェイスを追加。
2. グラフィックスボードを利用しているマシンで、原子をShereで表示するときpoint spriteで描くように変更。(球体の描画の高速化)
3. ファイルの拡張子が.entのPDBファイルも読み込めるように変更。
4. CentOS 6のyumのbaseリポジトリからインストールしたMPICH・OpenMPIで利用できるcosgene_MPIを追加。(cosgeneのインターフェースでMPIの種類を選び実行できる)
5. リガンド編集で5員環や6員環のテンプレートをシーンウィンドウに追加する機能を追加。
6. 分子に透過率を設定して半透明表示する機能を追加。
7. シーンウィンドウに表示中の画像を、右クリックメニューからファイルに保存できる機能を追加。
8. シークエンスビューの分子鎖表示に色をつけて装飾。
9. MDL molファイル、MDL SDファイルの読み込みに対応。
10. ドッキングの結果をソートする機能を追加。
11. ドッキング結果の内、不要なものを削除する機能を追加。
12. シーンウィンドウ上のプローブ点をクリックして削除する機能を追加。
13. cosgeneの座標トラジェクトリー形式での書き出しに対応。
14. いくつかの時間の掛かる処理実行中にスピナーを表示するようにした。
15. Windows 64ビット版を作成。
16. 分子のクリッピング機能を追加。
17. 原子選択式を表でクリックして入力する機能を追加。

「修正点」

1. シミュレーションタブをMDタブとドッキングタブに分割。
2. ツリービューをv1.2より移入。
3. プロパティービューをv1.2より移入。
4. メッセージウィンドウの初期位置を右に移動。
5. トラジェクトリーファイルの読み込み操作の「元に戻す」「やり直し」が機能していなかったので修正。
6. "Code for insertion of residues."が使われているPDBを読み込む際の挙動を修正。
7. "Alternate location indicator."が使われているPDBを読み込む際に残基番号が同じでも残基名が異なっているとAlternate location indicatorを無視していたので修正。
8. リガンドの「Hを生やす」を実行したときヨウ化物イオンにHが生えてしまっていたので修正。
9. ボール＆スティック表示のスティックをクリックした際に、ターゲット分子がクリックした分子に切り替わるように変更。
10. アクセスキーが動作しない不具合の修正。
11. PDBファイルの読み込み時、読み込みが完了する前にシーンウィンドウ上で分子をクリックするとフリーズする不具合を修正。
12. mol2ファイルを読み込む際、Cl原子をC原子として読み込む不具合を修正。
13. タンパク質編集のSSBONDの追加機能で２つのチェーンのタンパク質間でジスルフィド結合していて、さらにリガンドが存在するときtplgeneの処理に失敗していたので修正。
14. リガンド編集でシーンウィンドウ上の何もない部分から分子に結合を引っ張った時、結合が追加されない不具合を修正。
15. リボンの［シミュレーション］タブの［ドッキング］グループにオプションボタンを配置。プローブ点の表示/非表示等を切り替える機能を追加。
16. tplファイルを作成後、一時的に［プローブ点作成］ボタンが押せなくなる不具合を修正。
17. バックグラウンドのプログラムによる処理が失敗したときにエラーメッセージダイアログを表示するようにした。
18. sievgeneによるドッキング機能をv1.2より移入。
19. 分子表現設定ダイアログから分子表面を操作できるように改変。
20. ［ファイルメニュー］の［ワークスペースの新規作成］または［ワークスペースを開く］をクリックすると、新しいMF myPrestoのウィンドウを開くように改変。
21. リボンの［ホーム］タブに［クリップボード］グループを追加。
22. リボンの［ホーム］タブに［シーン］グループを追加。
23. その他の細かい不具合を修正。

v2.0
新機能・修正点

MF myPresto v2.0の新機能・修正点をご紹介いたします。

「新機能」

1. ユーザーインターフェースを刷新。
2. 低分子化合物の作成と編集機能を追加。
• 原子や結合の追加と削除
• 原子種の変更
• 結合次数の変更
• リガンドのみの構造最適化
• 電荷計算
3. 対称分子の生成機能を追加。
4. 不要な分子鎖や溶媒分子などを表で選択し、削除する機能を追加。
5. 原子座標を並進・回転移動する機能と、結合軸で回転する機能を追加。
6. 原子データのコピー/カット/ペースト機能の追加。
7. 残基の編集機能を追加
• PDBのalternate location indicatorの選択機能。
• 主鎖原子欠損の検出と削除機能。
• 末端残基の検出と加工機能。
• 近接CYSをSS結合させる機能。
• 金属配位CYSを検出しCYMに変更できる機能。
• 近接原子の検出と補正機能。
• 直行する二面角の検出と補正機能。

「修正点」

1. デフォルトの分子表現をSphere & stickに変更。
2. トラジェクトリツールの座標、距離、角度、２面角の計測を分子にトラジェクトリが割り当てられていなくても実行できるように改変。
3. 同梱しているmyPrestoのsetwaterの実行ファイルを更新。
4. 一部の編集機能がMD実行後現在表示中の座標ではなく初期構造の座標に対して処理を行っている不具合を修正。
5. シーン上で分子を操作中にマウスポインターが分子の上を通過するとき分子の動きがカクカクする問題を解消。
6. 同梱しているmyPrestoのadd_ionとHgeneの実行ファイルを更新。
7. OpenSSL 1.0.1eにアップデート。
8. 二重結合と三重結合をそれぞれ2本と3本で描画するように変更。
9. 一部のデータの取扱いを倍精度に変更。
10. SSHソフトウェアをPuttyからlibsshに変更。
11. その他の細かい不具合を修正。