MF Amber

特徴

• コマンド操作が不要

  UNIX のコマンドを知らなくてもグラフィカルなユーザインタフェースを介して簡単な操作でMD計算を実行できます。MD 計算のパラメータ設定のためにテキストエディタなどを使う必要もありません。

• 煩雑なモデリング操作不要

  MD計算のためのトポロジーデータの生成、溶媒の付加、カウンターイオンの挿入などの操作は、コマンドライン上でおこなう場合、非常に煩雑な操作が必要となります。MF Amber を使うと、モデリング操作の手順などを一切気にすることなく必要な設定をおこなった後、実行ボタンを押すだけで、簡単にMD 計算のためのデータが作成できます。

• デスクトップPC、並列計算機上でのMD実行

  MF Amber は、MD 計算をローカルPC 上(MF Amber を実行しているPC)、またはSSH を介して外部の計算機上で実行できます。SSH を介した計算では、MPI を使った並列計算が可能です。

  

• MD 実行中の状態確認

  MD 実行中の原子座標、総エネルギーなど系の状態は、MF Amber 上に定期的に表示されるため、計算が正常に進んでいるかがすぐに確認できます。また、数週間もの長時間の計算をおこなう場合でも、MF Amber を起動することで好きなときにその状態を確認できます。

• 解析機能

  MD計算結果のトラジェクトリーデータのために、座標、距離、角度、トーション、RMSD 解析ツールが利用できます。また、DCD形式などの主要なファイルフォーマットでトラジェクトリデータを書き出すことができ、他の有用な解析ツールとの連携も容易です。

  

• より本格的なMD計算のための準備ツールとして

  モデリングデータやMD計算設定内容はすべて1つのワーキングディレクトリにファイルとして出力されます。コマンドラインに精通している人であれば、設定ファイルを直接編集してより細かな操作ができます。

MD計算

• 拘束条件
  (エネルギー極小化計算と同じ)

• 周期境界条件
  (エネルギー極小化計算と同じ)

• アンサンブル
  Micro-cannonical(NVE)、Cannonical(NVT)、NPT

• 温度制御方法（NVT）
  Berendsen法、Andersenの温度カップリング法、Langevin動力学計算

• SHAKE法

• Self-Guided Langevin dynamics法

• ポアソン・ボルツマン計算

• 等方性周期和

• 分極ポテンシャル

• 変動条件設定

• シミュレーションのリスタート

• シミュレーション実行中の構造の3次元的可視化

MPIによる並列計算

• Open MPI、MPICH2

• SSHを介した並列計算機上でのエネルギー極小化計算、MD計算のジョブ投入と状態の監視

解析機能

• トラジェクトリデータ解析
  原子間距離、角度、トーション角、RMSD、座標解析

• トラジェクトリフレームの削除

• トラジェクトリデータから選択分子の抽出

• トラジェクトリプレーヤー
  3次元ウィンドウ上でのアニメーション再生

ファイル入出力

• インポート
  PDB、MOL2、AMBER trajectory、AMBER restart、
  Cosgene trajectory、DCD trajectory、GROMACS trajectory

• エクスポート
  PDB、MOL2、AMBER trajectory、DCD trajectory、
  GROMACS trajectory、gnuplot (energy)、csv (energy)

動作環境

価格(年間ライセンス使用料、ノードロック方式)