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MolFeat Pythonスクリプトライブラリ

MolFeat上で使用できる、便利なPythonスクリプトのライブラリです。

ご自由にダウンロードしてご利用ください。

スクリプト)

ベクトル場、表示用サンプル

ベクトル場のファイルを読み込んで、それを矢印注釈で表現します。

ベクトル場のファイルフォーマットは、
  vx vy vz dx dy dz
      :

vx, vy, vz - ベクトルの開始位置(原子の座標)

dx, dy, dz - ベクトルの向き 

です。

ファイルは、1GCN.pdb のものです。スクリプトの呼び出し方法は以下のとおりです。

python sample_ana_vec.py    

CA原子しかないPDBでバックボーンを表示するサンプル

現在読み込まれている分子データをもとに、原子とその次の原子の結合を作るCONECTレコードを生成します。

PDB ファイルのフォーマットに従います。

スクリプトの呼び出し方法は以下のとおりです。

    python connect_CA.py <output filename>

仕様手順は以下のとおりです。

     ・CA 原子しかないPDB ファイルを読み込む
     ・このスクリプトを実行
     ・出力されたファイルをオリジナルPDB のATOM またはHETATM 以降に追加

このデータを読み込んでスティック表示にすると、バックボーンスティックのような表示になります。