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PDB可視化ソフト MolFeat v5.1.1.25 新機能・改善点

MolFeatV5.1.1.25の新機能・改善点は以下のとおりです。 (過去の履歴をご覧になりたい方はこちら

 

  1. シーケンスビューをフロート(メインのウィンドウから独立した状態)にした際に、Shiftキー/Ctrl(Mac版は⌘)キーによるシーケンスビューのアイテムの選択ができなくなる不具合を修正。
  2. チューブ表示の先端を半球状に変更。
  3. ボールをポイントスプライトで表示した時、色合いがおかしかったため修正。
  4. zSpaceで描画した際、左目右目が反転する不具合を修正。
  5. zSpaceで分子をピックした時にバイブレーションで知らせる機能を追加。

 

以下は過去のバージョンアップの履歴です。

MolFeatv5.1で追加された機能

  1. フレームシーケンシャルの3D表示を、全画面で行える機能を追加。
  2. グラフィックスボードを利用しているマシンで、ポイントスプライトによる球の表示と、ポイントスプライトのON・OFFを切り替える機能を追加。
  3. 選択パネルの[種類]のタブに、水素・極性水素・非極性水素を選択する機能を追加。
  4. mol2/molファイルの読み込みで、ファイルに記載のない結合が追加される不具合を修正。
  5. pdb2pqr 2.0に対応。
  6. 分子の自動回転に首振り機能を追加。
  7. Retinaディスプレイで動画の作成や高品質イメージ出力以外の画像の書き出しを行うと左下4分の1だけが出力される不具合を修正。(Mac版の場合のみ)
  8. Qtライブラリの影響でドラッグ&ドロップしたファイルが読み込めなくなっていた不具合を修正。(Mac版 Yosemiteの場合のみ)
  9. その他細かい不具合を修正。

 

MolFeatv5.0で追加された機能

  1. Gaussian CUBEファイルの読込機能を改良
    • Gaussian CUBEファイルで読み込める原子の最大数を以前より多く設定
  2. MolFeatコントロールの改良
    • MolFeatコントロールで、Webに複数のコントロールを配置した場合、何も描画しなくなる不具合の修正
  3. mmCIF形式のデータの読込に対応
  4. Qtのライブラリを使用したGUIに移行
  5. PDBファイルの保存機能の改良
    • 原子数が99999以上の場合でも、PDBファイルを出力できるように修正

 

MolFeatv4.6で追加された機能

  1. 低分子の極性水素原子、非極性水素原子の選択
  2. GUI上からAPBSのグリッドの解像度を設定
  3. ムービー作成時のフレーム指定
  4. 静電ポテンシャルのカラーバーの表示/非表示
  5. 注釈の表示/非表示
  6. マウス操作によるZ軸回転
  7. スクリプトを使ったクリッピング幅の変更
  8. Cosgene のトラジェクトリの読込
  9. netcdfの読込
  10. PowerPoint の資料用の画像に上下または、左右にできるグレーの領域の透明化

 

MolFeatv4.5で追加された機能

  1. Gaussian CUBE ファイルの下記の表示に対応
    • 分子軌道
    • 静電ポテンシャル
    • 電子密度
  2. PDB2PQR、APBS による静電ポテンシャル計算に対応
    • ポアソンボルツマンソルバーによる静電ポテンシャル計算
    • pH 値を考慮した計算
    • 分子サーフィス形状上にポテンシャルを表示
    • マルチグリッド形式をサポート
  3. OpenDX ファイル対応
  4. 任意平面上での静電ポテンシャルエネルギー分布の表示に対応
    (APBS により静電ポテンシャル計算を実行した場合)
  5. シーケンスビューの改良
    • 表示形式を切り替えたときに表示位置が保存されるような修正

MolFeatv4.0で追加された機能

  1. トラジェクトリファイルローダー
    • DCD 形式 (CHARMM、NAMD)
    • TINKER形式
    • GROMACS形式
  2. 選択機能の強化
    以下のような選択式で原子選択ができるようになりました。
    • protein | protein aroundres:4.0 タンパクとその周囲4Å以内の残基
    • $ & resname:ALA 現在選択中の原子で残基名が”ALA”の原子
  3. スクリプト実行機能
    Pythonスクリプトを使ってMolFeatを操作できるようになりました。ユーザーインターフェースからできる操作とほぼ同等の操作がスクリプトより可能です。例えば以下のようなことができます。MolFeatコントロール上でもスクリプトを実行可能です。

    • 操作の自動化
      データダウンロード → 原子選択 → 形状編集 → 高品質イメージ出力
      といった一連の操作を複数の分子に対して自動的に実行
    • 簡単な分子アニメーション
    • 操作内容の記録機能
    • ユーザーインターフェースに対しておこなった操作を記録し、その内容をPythonスクリプトとして出力できます。
  4. 半透明ポリゴン描画処理の改良
  5. シーケンスビューの機能強化
    • シーンウィンドウ中でクリックした原子を、シーケンスビュー上にスクロールして表示します
    • シーケンスビューの表示モードを切り替えたときに以前の表示位置を保ちます。
  6. 分子の分離機能の強化
    1つの分子データを選択原子とそうでない原子で分離できます。
  7. 分子サーフィスへ独自色設定
    スクリプトを介して、分子サーフィスへ頂点単位で独自色を設定できます。

MolFeatv3.6で追加された機能

  1. ムービーファイル作成機能
    AVIファイルを作成します。
  2. 水素原子の付加と削除
  3. CHARMM PDB ファイル対応
    原子数が99999個以上のPDBファイルを読み込めるようにしました。
  4. 選択原子から指定距離以内にある残基選択(原子選択)
  5. リボン/チューブの半透明表示
  6. 距離注釈の表示モード追加
    単なる線分表示モードを追加
  7. 高品質イメージ出力機能の機能追加

MolFeatv3.5で追加された機能

  1. 分子データのマージ
    指定した複数の分子データをマージして1つの分子データにします。
  2. 分子データの分離
    1つの分子データを分子鎖を最小単位として複数の分子データに分離します。
  3. 電子密度表示
    読み込んだ1つの電子密度データに複数の表示領域を作成できるようになりました。表示領域は、選択した複数の原子を中心に作成ができます。また、これまでのワイヤーフレームの表示だけでなく、ポリゴン、ドット表示もできるようになりました。
  4. シーケンスビュー
    シーケンスを折り返して表示するモードを追加しました。また、複数の分子データの表示にも対応しました。
  5. 疎水性インデックス値による色づけ
    Kyte and Doolittle の疎水性インデックスでの色づけに対応しました。
  6. 主鎖2面角φ、ψのファイル出力
    1つの分子データの2面角φ、ψをファイルに出力できるようになりました。gnuplot などでプロット可能な形式です。
  7. AMBER Restart ファイルへの対応
  8. 水素結合の破線ピッチの調整
  9. ジスルフィド結合のスティック表示対応
  10. 平行投影のサポート
  11. ステレオ表示モード
    水平インターリーブ方式に対応しました。xpol などの表示装置で利用できる方式です
  12. PDBv3.0への対応

MolFeatv3.0で追加された機能

  1. 新規ファイル作成、保存、undo、redo機能追加
  2. トラジェクトリファイルのアニメーション再生
  3. 指定した分子の対称構造の計算
    PDBに記録された単位胞および空間群の情報を使って、指定した分子の対称構造を計算して表示します。
  4. 水素結合の自動計算強化
    蛋白質内、核酸内だけでなく、すべての原子に対して水素結合を計算します。
  5. 選択機能の強化
    指定原子を中心に半径何Å以内の原子選択をできるようにします。
  6. MolFeatコントロールの機能強化
    自動回転の回転軸、回転スピードを指定できるようにします。
  7. シフトキーによる分子の平行移動機能追加

MolFeatv2.2で追加された機能

  1. 静電ポテンシャルの計算と可視化
    タンパク質分子、核酸分子の静電ポテンシャルを計算し可視化します。 計算にはAMBERのテンプレートデータを使用しています。 配色設定により、静電ポテンシャル値に対応する色を編集可能です。
  2. 分子リストビュー
    読み込んだ分子データを一覧で表示、選択するためのビューです。 このビューを使用すると編集対象分子を複数選択できるようになります。
  3. すべての分子形状のクリッピング
    分子サーフィス形状以外に、ボール、リボンの形状などもクリップ可能です。
  4. 距離、角度、2面角計測結果の注釈生成
    計測後、その結果を3次元空間中に注釈として残せます。
  5. リボン、チューブ表示の機能強化
    以下が強化されています。
    • 幅、厚みの設定
    • 表示品質の設定
    • 表示のバリエーション追加
    • 曲線補間処理の改善
  6. ポイントミューテーション
    シーケンスビューを使って、タンパク質分子、核酸分子内の残基を指定した 残基で置換え可能です。構造最適化などの処理はおこなっていません。