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PDB可視化ソフト MolFeat 詳細

PDB可視化ソフトMolFeatのさまざまな機能のほか、サポート、動作環境、無料貸し出しについてご紹介します。

PDB可視化ソフト MolFeatの分子編集機能

MolFeatはPDBデータ、電子密度データなどの分子構造のデータを読み込み、表現形状や色などを原子単位で自在に編集できます。また、2分子の重ね合わせやポイントミューテーションなど、基本的な分子データの編集が可能です。

形状編集

形状編集 形状編集
形状編集 形状編集

ボール/スティック/リボン
/バックボーン など

カラー編集

カラー編集 カラー編集
カラー編集 カラー編集

原子種/2次構造/等方性温度因子
グループ/疎水性インデックス など


分子サーフィス編集

分子サーフィス編集 分子サーフィス編集
  • VDW/Contact/Solvent等
  • 静電ポテンシャルの計算と表示

    pHを考慮したポテンシャル計算(APBS,PDB2PQR)

    分子サーフェースへの色づけ

    任意平面状でのポテンシャル分布の表示

分子データ編集

重ね合わせマージと分離 結晶学的対称分子マージと分離
  • ポイントミューテーション
  • 分子の重ね合わせ
  • 2次構造情報の編集
  • 結晶学的対称分子の計算
  • 分子データのマージと分離
  • 水素原子の付加と削除

計測

計測  
  • 2原子間距離
  • 3原子間角
  • トーション角

編集対象原子の選択

編集対象原子の選択 編集対象原子の選択
  • 原子、残基タイプ、2次構造別などのカテゴリ別選択
  • シーケンスビューによる選択
  • マウスクリックによる選択
  • 指定領域内原子(残基)の選択
  • 選択式での選択

    例)

    protein | protein aroundres:4.0

    タンパクとその周囲4Å以内の残基

    $ & resname:ALA

    現在選択中の原子で残基名が"ALA"の原子


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PDB可視化ソフト MolFeatのアニメーション機能

PDB可視化ソフト MolFeatのトラジェクトリアニメーション

トラジェクトリアニメーションが可能です。PowerPointスライド上でも同様にアニメーションができます。

  • トラジェクトリアニメーション
  • 物体を中心とした視点の自動回転
  • アニメーションスピードの設定

ご注意) 左のアニメーションはGIFで作成したものです。

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分子軌道表示機能

PDB可視化ソフト MolFeatのトラジェクトリアニメーション

表示された分子構造の上に、分子軌道を重ねて表示できます。

  • 表示する分子軌道の選択
  • コンター・サーフェース・ドット
  • 閾値、色、線幅の設定
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PDB可視化ソフト MolFeatのスクリプト実行機能

PDB可視化ソフト MolFeatのスクリプトによるアニメーション

Pythonスクリプトを使ってMolFeatを操作できるようになりました。ユーザーインターフェースからできる操作とほぼ同等の操作がスクリプトより可能です。

またユーザーインターフェースに対して行った操作を記録し、その内容をPythonスクリプトとして出力することも

例えば以下のようなことができます。

  • 操作の自動化

    データダウンロード→原子選択→形状編集→高品質イメージ出力 といった一連の操作を複数の分子に対して自動的に実行

  • 簡単な分子アニメーション

MolFeatコントロール上でもスクリプトを実行可能です。

ご注意) アニメーションはGIFで作成したものです。

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PDB可視化ソフト MolFeatの電子密度表示機能

PDB可視化ソフト MolFeatの電子密度表示機能PDB可視化ソフト MolFeatの電子密度表示機能PDB可視化ソフト MolFeatの電子密度表示機能

表示された分子構造に、電子密度の等値面を重ねて表示できます。選択された複数の原子周り(残基周り)の電子密度の表示が可能です。またクリックした原子を中心に任意の半径で指定した領域を表示することも可能です。

  • 指定原子を中心に表示、複数の原子周りでの表示
  • 表示領域、色、線幅の設定
  • コンター、ドット、サーフェース表示
  • 結晶の表示

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PDB可視化ソフト MolFeatの注釈機能

PDB可視化ソフト MolFeatの注釈機能

注釈を3次元空間上にマウスを使って自由に配置できます。注釈機能は日本語表示に対応しています。

  • 矢印、円弧付きの注釈生成
  • 距離などの計測結果の注釈生成
  • 上付き下付き文字の表現

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PDB可視化ソフト MolFeatのプレゼンテーション機能

PDB可視化ソフト MolFeatのプレゼンテーション機能PDB可視化ソフト MolFeatのプレゼンテーション機能

編集したデータをもとに、プレゼンテーションのための専用データを作成できます。作成したプレゼンテーションファイルは、付属のプラグインソフトを使用することで、インタラクティブな3次元ビュワーとしてPowerPointのスライドショーやWEBブラウザ上に貼り付けることができます。スライドショー実行中は、マウスを使って自由に分子構造を回転、拡大・縮小できます。(当機能はWindows版のみ対応しております)

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PDB可視化ソフト MolFeatの高品質イメージ出力機能

編集した内容をイメージデータとして出力できます。高品質イメージ出力では、ジャギーが少なく高解像度イメージが得られます。学会誌や論文などの印刷物掲載用に最適です。

  • ファイルへ出力(BMP、JPG、PNG、TIFF)
  • ステレオグラム出力(平行法、交差法)
  • レイトレーシング法による高品質イメージ出力

高品質イメージ出力 sample

高品質イメージ出力高品質イメージ出力高品質イメージ出力高品質イメージ出力高品質イメージ出力

ステレオグラム(平行法)

ステレオグラム(平行法)

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PDB可視化ソフト MolFeatのムービーファイル作成機能

編集内容をキャプチャーし、ムービーファイル(AVIファイル)を作成できます。

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PDB可視化ソフト MolFeatのステレオ表示機能

PDB可視化ソフト MolFeatのステレオ表示機能

各種ステレオ表示に対応しています。


「フレームシーケンシャル立体表示」と「上下2分割立体表示」の立体視にはCRTモニタと、液晶シャッタメガネが必要となります。

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PDB可視化ソフト MolFeatのファイルのサポート

分子データの読み込み/保存

  • Protein Data Bank形式 .pdb
  • MDL社 分子ファイル形式 .mol
  • Tripos社 分子ファイル形式 .mol2

トラジェクトリデータの読み込み

  • AMBER Parameter/Topology ファイル形式 .parmtop
  • AMBER Trajectory ファイル形式 .nc , .mdcrd
  • AMBER Restart ファイル形式 .restart
  • CHARMM、NAMD形式 .dcd
  • TINKER形式 .arc
  • GROMACS形式 .trr
  • cosgene形式 .cor

分子軌道データの読み込み

  • Gaussian 形式 ,cube

電子密度データの読み込み

  • .CCP4
  • .BRIX
  • .CNS
  • .SITUS

シーケンスの書き出し

  • FASTA形式
  • 主鎖2面角φ、ψのファイル出力 ( gnuplot などでプロット可能な形式 )
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PDB可視化ソフト MolFeatの動作環境

Windows版

  推奨環境
OS Windows XP/VISTA/7/8/8.1/10 (32bit/64bit)
CPU Intel Core i 同等以上
メモリ 4GB以上
ビデオカード OpenGL対応ビデオカード
QuadBufferを備えたビデオカード(※)
ステレオ表示機能を持ったビデオカード(※)

【ご注意】 Windows VistaにてMolFeatをご使用の場合に、一部の機種(グラフィックアクセラレータが内蔵されているIntel系等の統合チップセット搭載機種)において、OpenGLモードでCGが正常に表示されない、ずれる等の現象が発生する場合がありますのでご注意ください。

Mac版

  推奨環境
OS MacOSX v10.6 以降
CPU Intel Core Duo 2.0GHz 以上
メモリ 512MB以上
ビデオカード OpenGL対応ビデオカード
QuadBufferを備えたビデオカード(※)
ステレオ表示機能を持ったビデオカード(※)

※フレームシーケンシャル方式とzSpaceでの立体視をおこなう場合に必要となります。

【ご注意】PowerPointにMolFeatの画面を貼り付けるプラグインソフト(MolFeatコントロール)はWindows版のみ対応しています。

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ご注意ください

フレームシーケンシャル方式の立体表示をおこなう場合には、クワッドバッファに対応したビデオカードが必要となります。

カタログ記載内容は予告なく変更することがあります。あらかじめご了承ください。